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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lln | ||||||
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タイトル | Comparison between the orthorhombic an tetragonal form of the heptamer sequence d(GCG(xT)GCG)/d(CGCACGC). | ||||||
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機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparison between the orthorhombic and tetragonal forms of the heptamer sequence d[GCG(xT)GCG]/d(CGCACGC) 著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. #1: ![]() タイトル: Structure of the fully modified left-handed cyclohexene nucleic acid sequence GTGTACAC. 著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. #2: ![]() タイトル: Influence of the incorporation of a cyclohexenyl nucleic acid (CeNA) residue onto the sequence d(CGCGAATTCGCG). 著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. #3: ![]() タイトル: Direct observation of two cyclohexenyl (CeNA) ring conformations in duplex DNA 著者: Robeyns, K. / Herdewijn, P. / Van Meervelt, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 18.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 11.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3fl6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2164.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED ON SOLID SUPPORT |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2083.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED ON SOLID SUPPORT |
#3: 化合物 | ChemComp-NCO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 10%(V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL(MPD), 20MM COBALT HEXAMINE, 40MM POTASSIUM CACODYLATE BUFFERED AT PH=5.5, AND 80/12MM KCL/NACL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月6日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3→18.55 Å / Num. all: 681 / Num. obs: 681 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 93 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: PDB entry 3FL6 (one biological unit) 解像度: 3→18.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / SU B: 14.93 / SU ML: 0.291 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: NONE / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.704 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→18.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.001→3.079 Å / Total num. of bins used: 20 /
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