PDB-3lle: X-ray structure of bovine SC0322,Ca(2+)-S100B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lle

タイトル

X-ray structure of bovine SC0322,Ca(2+)-S100B

要素

Protein S100-B

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF hand / Alpha helical / Metal-binding / Nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Charpentier, T.H. / Weber, D.J. / Wilder, P.W.

引用

ジャーナル: Int.J.High Throughput Screen / 年: 2010
タイトル: In vitro screening and structural characterization of inhibitors of the S100B-p53 interaction.
著者: Wilder, P.T. / Charpentier, T.H. / Liriano, M.A. / Gianni, K. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Coop, A. / Toth, E.A. / Mackerell, A.D. / Weber, D.J.

履歴

登録	2010年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lle.cif.gz	89.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lle.ent.gz	74.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lle.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lle_validation.pdf.gz	966 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lle_full_validation.pdf.gz	972.4 KB	表示
XML形式データ	3lle_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	3lle_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3lle ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/3lle	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lk0C 3lk1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dw5-1 1oxn-10 3tss-d 3mh8-2 3mha-1 4dvk-2 4dw7-1 4dvk-1 4zra-1 1oxq-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein S100-B

B: Protein S100-B

ヘテロ分子

22.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Protein S100-B

B: Protein S100-B

ヘテロ分子

A: Protein S100-B

B: Protein S100-B

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
44.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.267, 46.267, 172.413
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain 分子量: 10681.974 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SGE / 13-methyl-13,14-dihydro[1,3]benzodioxolo[5,6-c][1,3]dioxolo[4,5-i]phenanthridine / ジヒドロサンギナリン分子量: 333.337 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₅NO₄ / コメント: alkaloid*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG3350, CaCl2, Li2SO4, Cacodylate buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.8 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 19198 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 11.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.85-1.92	6.4	0.519	1808	0.942	96
1.92-1.99	8.4	0.4	1847	0.996	99.9
1.99-2.08	9.6	0.262	1908	0.98	100
2.08-2.19	10	0.185	1890	1.002	100
2.19-2.33	10.1	0.137	1909	1.069	100
2.33-2.51	10.3	0.11	1903	1.107	100
2.51-2.76	10.6	0.076	1930	1.036	100
2.76-3.16	10.7	0.053	1933	0.983	100
3.16-3.99	10.5	0.038	1974	1.032	99.9
3.99-50	9.6	0.03	2096	1.135	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	28.74 Å
Translation	2.5 Å	28.74 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→57.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.2389 / WR_factor R_work: 0.1925 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8402 / SU B: 6.262 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.1395 / SU R_free: 0.1327 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2314	982	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1955	18154	-	-
obs	0.1973	19136	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 37.23 Å² / B_iso mean: 34.204 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0.33 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→57.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1454	0	54	123	1631

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.461	2.005	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.931	5	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.007	26.585	82
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.694	15	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.47	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.374	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.063	1.5	905
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.656	2	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.962	3	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.158	4.5	654

LS精密化シェル

解像度: 1.846→1.894 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	62	-
R_work	0.266	1202	-
all	-	1264	-
obs	-	-	92.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.5732	2.3119	-3.4364	35.8949	2.1659	11.0363	0.0437	0.1983	-0.4452	0.0615	0.5273	-2.1802	-0.2054	1.665	-0.571	0.1921	0.0612	-0.0243	0.3784	-0.08	0.241	1.426	-9.5433	-11.4779
2	10.4966	-12.1811	-3.8958	18.9979	3.1706	1.9206	0.219	-0.2025	0.3631	-0.3985	-0.0354	-0.4136	-0.2358	0.1311	-0.1836	0.3235	0.0358	0.0017	0.0819	-0.0077	0.0586	-5.5143	1.6537	-8.3921
3	4.3374	-0.5632	-1.0772	5.7173	0.5419	8.2607	0.1466	-0.4096	0.2901	0.0438	0.1091	0.1737	-0.7929	-0.1363	-0.2557	0.2545	0.0927	-0.041	0.0875	-0.0433	0.1112	-12.2031	11.3826	-10.1456
4	4.3903	-1.9198	-0.9906	2.4905	-0.1212	3.4975	0.2125	0.0325	-0.121	-0.4241	-0.1034	0.1662	-0.3186	-0.183	-0.1091	0.315	0.1418	-0.0888	0.104	-0.0172	0.1508	-16.3547	11.101	-20.8687
5	3.1477	-3.0397	0.34	7.9011	2.4643	9.8453	0.122	-0.1431	-0.3782	-0.1653	-0.0508	0.6793	-0.031	-0.3535	-0.0712	0.1394	0.0771	-0.0819	0.0812	0.0075	0.1973	-16.9704	1.5252	-13.3068
6	10.4751	-6.2056	-8.792	9.1384	7.0283	12.6433	0.0828	0.1636	-0.409	-2.2554	-0.0313	0.0732	-0.6141	0.4169	-0.0515	1.0456	0.0684	-0.0314	0.1696	-0.0071	0.1852	-7.3271	-4.14	-28.9372
7	7.6917	-0.3088	-3.6809	19.8138	2.5834	13.9421	-0.1746	-0.1489	0.0026	-0.272	0.0269	-0.9029	0.2431	1.1643	0.1477	0.2033	0.0927	-0.0185	0.2159	0.0251	0.1456	0.2069	3.8407	-17.8632
8	3.9092	6.8369	2.9006	17.3001	5.7377	2.235	0.3899	0.3427	-0.1489	-0.0903	-0.2981	-0.0212	0.2012	0.1457	-0.0918	0.4885	0.2464	-0.0189	0.2154	-0.0095	0.0825	-3.5104	-8.4679	-21.4501
9	4.3781	-1.3042	1.4951	4.1504	0.9608	8.2432	0.5167	0.4287	-0.6633	-0.6583	-0.2935	0.3139	0.6533	-0.171	-0.2232	0.4107	0.1657	-0.1952	0.127	-0.0939	0.2421	-7.5447	-19.2809	-20.8583
10	5.6948	0.5206	3.3116	4.9281	0.4132	5.5534	0.3688	-0.2955	-0.8466	-0.0854	-0.0315	0.6435	0.8578	-0.4953	-0.3373	0.3148	-0.0016	-0.0973	0.138	0.0399	0.35	-13.2803	-20.4962	-10.9129
11	3.5845	-1.2156	-0.8434	4.2428	1.3841	8.3659	0.3609	0.3778	-0.3605	-0.6414	-0.2045	0.4533	0.353	-0.2752	-0.1563	0.2588	0.1046	-0.199	0.1189	-0.042	0.2537	-14.9797	-11.5992	-18.8276
12	10.2794	7.5959	11.8701	6.2796	6.9911	19.8619	-0.1388	-0.6876	1.2606	0.0147	-0.6473	1.3205	0.0803	-0.4928	0.786	0.1501	0.0715	0.1236	0.1628	-0.0843	0.5367	-10.6577	-3.8271	-1.8767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 89
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	0 - 5
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	6 - 16
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	17 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	41 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	64 - 78
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	79 - 89

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)