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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lkv
タイトルCrystal structure of conserved domain protein from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. n16961
要素uncharacterized CONSERVED DOMAIN PROTEIN
キーワードATP binding protein / ATPase Binding Cassette / PSI / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter substrate binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / ABC transporter substrate-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nocek, B. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of conserved domain protein from vibrio cholerae o1 biovar eltor str. n16961
著者: Nocek, B. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年3月2日ID: 2QH8
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized CONSERVED DOMAIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1767
ポリマ－31,6271
非ポリマー5506
水2,000111
1
A: uncharacterized CONSERVED DOMAIN PROTEIN
ヘテロ分子

A: uncharacterized CONSERVED DOMAIN PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,35214
ポリマ－63,2532
非ポリマー1,09912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation22_564z+1/4,-y+5/4,x-1/41
Buried area2670 Å2
ΔGint-260 kcal/mol
Surface area23880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.256, 144.256, 144.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
詳細unknown

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 uncharacterized CONSERVED DOMAIN PROTEIN


分子量: 31626.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 biovar El Tor str. N16961 / 遺伝子: VC_1101 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KT04

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非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 550 MME 0.01M ZINC SULFATE 0.1M BIS-TRIS PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97970, 0.97950, 1.28000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97951
31.281
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 26598 / Num. obs: 26598 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 30 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 30 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Num. unique all: 1311 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.896 / SU ML: 0.096 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20339 1268 5.1 %RANDOM
Rwork0.17835 ---
all0.18 25100 --
obs0.17966 23804 94.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.907 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 26 111 2310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222227
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.9853022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9733559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5825295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.72126.83579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4215378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.682154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.921.51476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.251.5601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72222374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0433751
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0934.5648
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.202→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 107 -
Rwork0.231 1758 -
obs--97.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0468-0.23690.23522.00970.11540.8210.00520.00760.04950.15770.0746-0.0041-0.0041-0.0503-0.07980.09390.0006-0.02330.08180.03590.079672.522183.976726.1932
20.9892-1.07650.8161.8725-1.10111.0033-0.00640.02560.0765-0.0146-0.035-0.22610.05310.0480.04140.08310.0017-0.03720.07140.02390.128187.154769.636925.3001
30.4227-0.72460.91431.9648-1.51942.9693-0.05620.19710.28780.3093-0.3021-0.6130.26680.70950.35830.27510.0515-0.12980.28630.04930.3047101.269472.333235.9922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2A83 - 265
3X-RAY DIFFRACTION3A266 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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