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- PDB-3lku: Crystal structure of S. cerevisiae Get4 in complex with an N-term... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lku
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Get4 in complex with an N-terminal fragment of Get5
要素
  • UPF0363 protein YOR164C
  • Ubiquitin-like protein MDY2
キーワードPROTEIN BINDING / ALPHA HELICAL REPEAT / TPR-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / TRC complex / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / vesicle-mediated transport / cytoplasmic stress granule / protein-macromolecule adaptor activity / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / : / Single helix bin / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces ...Mdy2, Get4 binding domain / Get5, C-terminal domain / Binding domain to Get4 on Get5, Golgi to ER traffic protein / Ubiquitin-like protein MDY2, C-terminal domain / Golgi to ER traffic protein 4 / Golgi to ER traffic protein 4 / : / Single helix bin / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROLINE / Golgi to ER traffic protein 4 / Ubiquitin-like protein MDY2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chartron, J.W. / Clemons Jr., W.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural characterization of the Get4/Get5 complex and its interaction with Get3.
著者: Chartron, J.W. / Suloway, C.J. / Zaslaver, M. / Clemons, W.M.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0363 protein YOR164C
B: Ubiquitin-like protein MDY2
C: UPF0363 protein YOR164C
D: Ubiquitin-like protein MDY2
E: UPF0363 protein YOR164C
F: Ubiquitin-like protein MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7778
ポリマ－121,5466
非ポリマー2302
水1,51384
1
A: UPF0363 protein YOR164C
B: Ubiquitin-like protein MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6313
ポリマ－40,5152
非ポリマー1151
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area16720 Å2
手法PISA
2
C: UPF0363 protein YOR164C
D: Ubiquitin-like protein MDY2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5152
ポリマ－40,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
3
E: UPF0363 protein YOR164C
F: Ubiquitin-like protein MDY2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6313
ポリマ－40,5152
非ポリマー1151
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.733, 108.733, 169.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 UPF0363 protein YOR164C


分子量: 34428.395 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 11-300 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Coexpressed with YOL111C. After affinity purification, limited proteolysis was performed with chymotrypsin. The major fragments were separated by anion exchange chromatography followed by crystallization.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: O3580, YOR164C, YOR164C/Get4 / プラスミド: pET33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12125
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein MDY2 / Mating-deficient protein 2 / Translation machinery-associated protein 24


分子量: 6087.066 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 3-56 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Coexpressed with YOR164C. After affinity purification, limited proteolysis was performed with chymotrypsin. The major fragments were separated by anion exchange chromatography followed by crystallization.
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MDY2, TMA24, YOL111C, YOL111C/Get5 / プラスミド: pET33b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12285
#3: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 17% PEG 6000, 0.1M Bis-Tris, 0.14M Ammonium sulfate, 0.01M L-proline, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97862 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月7日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→29.44 Å / Num. all: 29224 / Num. obs: 29191 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 4190 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0050精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 29.123 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Used direct SAD refinement target using selenomethioine
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22571 1464 5 %RANDOM
Rwork0.18221 ---
all0.18436 29224 --
obs0.18436 29186 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.602 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å20.99 Å20 Å2
2--1.98 Å20 Å2
3----2.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8439 0 16 84 8539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.96411694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.37351017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.80524.599424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.847151536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.421528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216520
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 105 -
Rwork0.252 2006 -
obs-2111 99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.10.142-1.14210.62-0.65315.50870.07630.14160.0592-0.13310.02160.0921-0.0722-0.2973-0.09790.04770.0162-0.01630.0282-0.01120.1308-8.611614.069977.0699
20.9158-0.09360.48441.5838-0.43454.8156-0.13670.148-0.0098-0.23940.235-0.06410.18980.0843-0.09830.0713-0.0614-0.00630.06790.00490.1236-10.739149.214885.9925
31.16420.0541-0.52051.34040.63926.4231-0.02890.272-0.0302-0.05710.2322-0.0246-0.18260.3534-0.20330.0314-0.051-0.0320.1518-0.00930.2183-38.89335.54167.6176
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 299
2X-RAY DIFFRACTION1B3 - 54
3X-RAY DIFFRACTION1A1
4X-RAY DIFFRACTION2C9 - 297
5X-RAY DIFFRACTION2D4 - 54
6X-RAY DIFFRACTION3E9 - 299
7X-RAY DIFFRACTION3F3 - 56
8X-RAY DIFFRACTION3E1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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