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- PDB-3lkq: Crystal Structure of HLA B*3501 in complex with influenza NP418 e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lkq
タイトルCrystal Structure of HLA B*3501 in complex with influenza NP418 epitope from 1977 strain
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
  • NP418 epitope from 1977 influenza strain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 epitope / influenza / swine-flu / T cell immunity / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Amyloid / Amyloidosis / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gras, S. / Kedzierski, L. / Valkenburg, S.A. / Liu, Y.C. / Denholm, J. / Richards, M. / Rimmelzwaan, G.F. / Doherty, P.C. / Turner, S.J. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Cross-reactive CD8+ T-cell immunity between the pandemic H1N1-2009 and H1N1-1918 influenza A viruses.
著者: Gras, S. / Kedzierski, L. / Valkenburg, S.A. / Laurie, K. / Liu, Y.C. / Denholm, J.T. / Richards, M.J. / Rimmelzwaan, G.F. / Kelso, A. / Doherty, P.C. / Turner, S.J. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: NP418 epitope from 1977 influenza strain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8863
ポリマ－44,8863
非ポリマー00
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.330, 81.990, 110.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain / MHC class I antigen B*35


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30685, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド NP418 epitope from 1977 influenza strain


分子量: 1066.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15-25% PEG 4000, 0.2M NH4Acetate, 0.1M Na-Citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→65.83 Å / Num. obs: 43813 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.641 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.57
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.8-1.90.5543.432260652699.9
1.9-20.328625845520999.9
2-2.10.2318.321462432999.9
2.1-2.20.17610.617614356299.9
2.2-2.30.1412.814736297799.8
2.3-2.40.1214.712446250599.9
2.4-2.50.10117104772122100
2.5-2.60.08519.39020182699.8
2.6-2.70.07920.67644156399.8
2.7-30.062517286353299.6
3-40.03835.426334552199.4
4-50.02943.89406199798.9
5-60.02843.2429889998.5
6-100.02643463699398
100.02245.1107725281.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BueIceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2FYY

2fyy


解像度: 1.8→65.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.119 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2207 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 43813 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.95 Å2 / Biso mean: 22.596 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å2-0 Å20 Å2
2---0.96 Å2-0 Å2
3---1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→65.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3165 0 0 260 3425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3031.9374726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0765424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21123.351191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2915569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3511535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212814
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.71.52051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28123349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01231404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3314.51377
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 156 -
Rwork0.342 3046 -
all-3202 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3308-0.5076-0.17980.66360.19580.23110.04040.12140.0981-0.0617-0.0217-0.0336-0.03120.0147-0.01870.0865-0.00340.0060.07280.02010.05878.194-6.3357-33.3621
21.2822-0.0424-0.46610.68430.30110.3224-0.04620.0035-0.073800.01980.08040.0523-0.00430.02630.08320.0008-0.00360.05740.00290.0744-1.3627-14.5705-25.284
30.4072-0.2269-0.03580.59430.14330.2635-0.04480.0681-0.0959-0.05660.00320.07490.01420.04120.04160.0614-0.0003-0.00020.0497-0.00860.06189.0627-19.9985-27.6278
40.39350.0630.92490.1819-0.08323.02730.1109-0.0835-0.01750.05790.0716-0.05090.3197-0.3391-0.18260.14540.0074-0.050.1166-0.00610.093322.9741-16.32260.1565
50.3531-0.03780.7980.43510.03523.48060.0631-0.03070.07030.06110.0593-0.13950.34610.1301-0.12230.11520.0356-0.0510.0992-0.03370.099527.2131-15.6742-3.4854
611.38952.11811.00886.20480.29783.54960.07690.0598-0.1911-0.14860.02420.4860.1825-0.3505-0.10120.14890.01390.01920.11090.00570.07490.4369-5.6233-10.1081
72.090.69640.48320.72150.22680.6817-0.121-0.09160.23460.03680.0818-0.0325-0.09680.02040.03920.10190.0097-0.0480.0536-0.03130.10118.3564.4637-12.4822
82.60861.49880.46242.02020.40150.5943-0.0701-0.0035-0.0103-0.00410.0569-0.1905-0.0601-0.02990.01310.09130.0177-0.01030.05590.00230.0711.7698-3.7707-19.1805
96.94281.84550.17810.7175-0.32880.722-0.0131-0.30420.59960.1814-0.01840.1115-0.2663-0.04450.03150.17290.0687-0.05470.105-0.13130.179715.28867.7702-6.605
104.6925-1.30660.65223.5741-0.00213.0805-0.041-0.50850.33450.4763-0.0411-0.0796-0.03760.08020.08210.11910.0199-0.04740.1145-0.07610.065919.03933.0601-3.08
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3A124 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4A195 - 231
5X-RAY DIFFRACTION5A232 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 6
7X-RAY DIFFRACTION7B7 - 49
8X-RAY DIFFRACTION8B50 - 69
9X-RAY DIFFRACTION9B70 - 89
10X-RAY DIFFRACTION10B90 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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