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- PDB-3lkn: Crystal Structure of HLA B*3501 in complex with influenza NP418 e... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lkn
タイトルCrystal Structure of HLA B*3501 in complex with influenza NP418 epitope from 1918 strain
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
  • NP418 epitope from 1918 influenza strain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3501 / NP418 epitope / influenza / swine-flu / T cell immunity / Disulfide bond / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Amyloid / Amyloidosis / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / secretory granule membrane ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / TAP binding / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / secretory granule membrane / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / defense response / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein-folding chaperone binding / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / innate immune response / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gras, S. / Kedzierski, L. / Valkenburg, S.A. / Liu, Y.C. / Denholm, J. / Richards, M. / Rimmelzwaan, G.F. / Doherty, P.C. / Turner, S.J. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Cross-reactive CD8+ T-cell immunity between the pandemic H1N1-2009 and H1N1-1918 influenza A viruses.
著者: Gras, S. / Kedzierski, L. / Valkenburg, S.A. / Laurie, K. / Liu, Y.C. / Denholm, J.T. / Richards, M.J. / Rimmelzwaan, G.F. / Kelso, A. / Doherty, P.C. / Turner, S.J. / Rossjohn, J. / Kedzierska, K.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: NP418 epitope from 1918 influenza strain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8983
ポリマ－44,8983
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.220, 82.290, 110.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-35 alpha chain / MHC class I antigen B*35


分子量: 31940.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B, HLAB / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P30685, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド NP418 epitope from 1918 influenza strain


分子量: 1078.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15-25% PEG 4000, 0.2M NH4Acetate, 0.1M Na-Citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→66.09 Å / Num. obs: 32333 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.342 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 17.21
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2-2.10.4815.132028433699.8
2.1-2.20.3886.526494358799.9
2.2-2.30.3197.8220392995100
2.3-2.40.2669.1184812507100
2.4-2.50.22210.6157832139100
2.5-2.60.18212.413536183999.9
2.6-2.70.16113.6114841565100
2.7-30.11616.5263073570100
3-40.05628.9405965575100
4-60.03842.3208632940100
6-100.0441.168481019100
100.03146.2158326184.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BueIceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2FYY

2fyy


解像度: 2→66.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.211 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1642 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 30736 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.29 Å2 / Biso mean: 12.365 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å2-0 Å2
3---1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→66.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 0 174 3340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0213315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.9374513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5235394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.02423.094181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.73715542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7431534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212649
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.51961
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38823180
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.11631354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4074.51333
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 124 -
Rwork0.289 2244 -
all-2368 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5742-0.7166-0.25160.98520.28430.08910.06490.10150.13-0.0859-0.0239-0.0514-0.032-0.0042-0.04110.15990.00590.01260.15070.02860.11798.1228-6.0161-33.2045
21.5078-0.3706-0.48671.15060.0860.1585-0.09430.0006-0.11860.02860.05510.11790.02510.0010.03910.13370.0004-0.00340.132-0.0070.1652-1.8991-14.9316-25.2314
30.4908-0.29280.0530.72750.0940.2785-0.0030.1012-0.0919-0.0816-0.01550.07510.0250.05140.01850.12380.00040.00080.1172-0.01170.11829.9867-19.7987-27.9125
40.3811-0.13111.1020.2107-0.76244.64830.0344-0.0979-0.0003-0.00290.1167-0.05790.1716-0.4575-0.15110.16040.0315-0.05520.1891-0.01110.168323.118-15.80570.9206
50.3962-0.21240.90830.5155-0.46563.57360.0235-0.01440.06630.04130.0104-0.12670.22840.0971-0.03390.15740.0244-0.05360.1531-0.00570.131727.2448-15.8019-3.3302
66.43970.8052-0.90121.2619-0.28050.47080.0609-0.1420.00790.2235-0.021-0.0874-0.0104-0.016-0.03990.1450.0283-0.04010.1181-0.0240.130314.8044-2.6155-10.0816
73.89950.54980.78150.4166-0.05930.4171-0.0354-0.03480.23270.03040.0225-0.0487-0.0525-0.04230.01290.15480.0068-0.02150.1303-0.01790.155415.40421.356-13.6785
81.94742.5922-1.02769.88214.27746.64160.00480.1230.5123-0.16230.02560.1038-0.2323-0.1648-0.03050.08560.0087-0.05290.01210.06060.670317.696212.6386-13.4751
91.85950.4630.18190.27580.18350.4573-0.0363-0.02550.24590.06310.0364-0.06770.0005-0.0225-0.00010.15550.0378-0.03070.1303-0.01490.189513.63261.6871-12.9996
100.29180.6277-0.15892.15361.75615.74050.3047-0.180.07350.6321-0.20480.03230.18650.2287-0.09990.278-0.0293-0.08680.2141-0.17920.230918.98693.1012-2.9294
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2A79 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3A128 - 193
4X-RAY DIFFRACTION4A194 - 230
5X-RAY DIFFRACTION5A231 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 16
7X-RAY DIFFRACTION7B17 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8B38 - 50
9X-RAY DIFFRACTION9B51 - 89
10X-RAY DIFFRACTION10B90 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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