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- PDB-3lkj: Small Molecule Inhibition of the TNF Family Cyokine CD40 Ligand T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lkj
タイトルSmall Molecule Inhibition of the TNF Family Cyokine CD40 Ligand Through a Subunit Fracture Mechanism
要素CD40 ligand
キーワードCYTOKINE / CD40L / CD154 / TNF-family cytokine / protein-protein interaction / Cell membrane / Disease mutation / Disulfide bond / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Secreted / Signal-anchor / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


CD40 receptor binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation ...CD40 receptor binding / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / isotype switching / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / leukocyte cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / T cell costimulation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / protein serine/threonine kinase activator activity / B cell differentiation / cytokine activity / integrin-mediated signaling pathway / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / platelet activation / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / inflammatory response / external side of plasma membrane / negative regulation of apoptotic process / cell surface / Golgi apparatus / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD40 ligand / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls ...CD40 ligand / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LKJ / CD40 ligand
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Silvian, L.F. / Whitty, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Small Molecule Inhibition of the TNF Family Cytokine CD40 Ligand through a Subunit Fracture Mechanism.
著者: Silvian, L.F. / Friedman, J.E. / Strauch, K. / Cachero, T.G. / Day, E.S. / Qian, F. / Cunningham, B. / Fung, A. / Sun, L. / Su, L. / Zheng, Z. / Kumaravel, G. / Whitty, A.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD40 ligand
B: CD40 ligand
C: CD40 ligand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,13610
ポリマ－45,9043
非ポリマー2,2327
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6750 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.303, 67.607, 108.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CD40 ligand / CD40-L / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 5 / TNF-related activation protein / TRAP ...CD40-L / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 5 / TNF-related activation protein / TRAP / T-cell antigen Gp39 / CD40 ligand / membrane form / CD40 ligand / soluble form


分子量: 15301.329 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 121-261 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40L, CD40LG, TNFSF5, TRAP / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29965
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-LKJ / (2R)-{[(2'-[(biphenyl-3-ylmethyl)carbamoyl]-6'-{[(2R)-2-(pyrrolidin-1-ylmethyl)pyrrolidin-1-yl]carbonyl}-6-{[(2R)-2-(1H-pyrrol-1-ylmethyl)pyrrolidin-1-yl]carbonyl}-4,4'-bipyridin-2-yl)carbonyl]amino}(cyclohexyl)ethanoic acid


分子量: 905.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H60N8O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% Peg3350, 50mM Hepes pH 7.5, 0.2M Sodium Citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 16534 / Num. obs: 16300 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 1447 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1ALY

1aly


解像度: 2.5→28.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 11.551 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30509 853 5.2 %RANDOM
Rwork0.22604 ---
obs0.23016 15596 98.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.137 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3003 0 151 72 3226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9722.0024374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5765385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.24724.113124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.29715493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3131512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9851.51946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.83923118
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21531279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6654.51256
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 56 -
Rwork0.281 1047 -
obs--91.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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