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万見
- PDB-3lkd: Crystal Structure of the type I restriction-modification system m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lkd
タイトルCrystal Structure of the type I restriction-modification system methyltransferase subunit from Streptococcus thermophilus, Northeast Structural Genomics Consortium Target SuR80
要素Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
キーワードTRANSFERASE / Q5M500_STRT2 / methyltransferase / stu0711 / NESG / SuR80 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Restriction endonuclease, type I, methylase subunit / : / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site ...N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Restriction endonuclease, type I, methylase subunit / : / N6 adenine-specific DNA methyltransferase, N-terminal domain / Type I restriction enzyme EcoKI-like, methylase subunit, N-terminal domain superfamily / HsdM N-terminal domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Ferritin / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target SuR80
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Foote, E.L. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit
B: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3912
ポリマ－124,3912
非ポリマー00
水7,764431
1
A: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1961
ポリマ－62,1961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Type I restriction-modification system methyltransferase subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1961
ポリマ－62,1961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.866, 83.128, 96.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Type I restriction-modification system methyltransferase subunit


分子量: 62195.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: ATCC BAA-250/LMG 18311 / 遺伝子: hsdM1, stu0711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q5M500
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, 4% N-propanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月21日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→500 Å / Num. all: 89029 / Num. obs: 88228 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 8877 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→48.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 372806.062 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 4191 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs-84557 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.673 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å20 Å2-7.94 Å2
2---3.84 Å20 Å2
3---1.96 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7499 0 0 431 7930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.77
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 669 5.1 %
Rwork0.216 12541 -
obs-13210 89.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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