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- PDB-3lk7: The Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lk7
タイトルThe Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate (MurD) ligase from Streptococcus agalactiae to 1.5A
要素UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
キーワードLIGASE / UDP-N-acetylmuramoylalanine / D-glutamate / Streptococcus / agalacitae / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / ATP-binding / Cell cycle / Cell division / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Cytoplasm / Nucleotide-binding / Peptidoglycan synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain ...UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase MurD / Mur ligase MurD-like, N-terminal domain / Mur ligase, C-terminal domain / Mur-like, catalytic domain / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stein, A.J. / Sather, A. / Shakelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate (MurD) ligase from Streptococcus agalactiae to 1.5A
著者: Stein, A.J. / Sather, A. / Shakelford, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7284
ポリマ－49,5001
非ポリマー2283
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.539, 65.045, 52.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.520, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylmuramoylalanine--D-glutamate ligase / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase / D-glutamic acid-adding enzyme


分子量: 49500.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
株: 2603V, serogroup V / 遺伝子: murD, SAG0475 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8E186, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine-D-glutamate ligase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 83028 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Χ2: 3.044 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.5-1.553.70.47382961.00499.4
1.55-1.623.70.3582451.03699.8
1.62-1.693.70.27582731.13199.8
1.69-1.783.70.21183311.31499.9
1.78-1.893.70.15883021.694100
1.89-2.043.70.11983612.25100
2.04-2.243.70.09382913.038100
2.24-2.563.70.09183464.52999.9
2.56-3.233.70.07783935.865100
3.23-503.50.06581909.22996.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / WRfactor Rfree: 0.215 / WRfactor Rwork: 0.192 / SU B: 1.286 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 4139 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 82903 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.037 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å2-0.74 Å2
2--2.27 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3438 0 11 401 3850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223515
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.9684788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9655474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.7925.556144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70715610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.1751512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2566
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212616
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8011.52258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42723644
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.47731257
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8464.51130
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.499-1.5380.3092630.2675468613993.354
1.538-1.580.2662990.245706605499.191
1.58-1.6260.2533030.2235479581899.381
1.626-1.6760.242790.2115396569999.579
1.676-1.7310.2462660.1985200548499.672
1.731-1.7920.2322440.1945060531599.793
1.792-1.8590.2052510.1824918517599.884
1.859-1.9350.2132510.1824689494799.858
1.935-2.0210.2092510.1844497475199.937
2.021-2.120.2092250.1943364561100
2.12-2.2340.212340.1824080431599.977
2.234-2.370.2212040.1853870408199.828
2.37-2.5330.2222180.18936753893100
2.533-2.7360.2061740.1913381355699.972
2.736-2.9960.2111940.193139333699.91
2.996-3.3490.2071370.18528713008100
3.349-3.8660.1791270.1652448264197.501
3.866-4.7320.1691100.1522104225098.4
4.732-6.680.159700.1941681177398.759
6.68-76.9230.237390.21576699580.905

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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