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- PDB-3lk5: Crystal structure of putative Geranylgeranyl pyrophosphate syntha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lk5
タイトルCrystal structure of putative Geranylgeranyl pyrophosphate synthase from Corynebacterium glutamicum
要素Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / Geranylgeranyl pyrophosphate synthase / Isoprene biosynthesis / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


dimethylallyltranstransferase / isoprenoid biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Patskovsky, Y. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative Geranylgeranyl pyrophosphate synthase from Corynebacterium glutamicum Atcc 13032
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Patskovsky, Y. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5712
ポリマ－41,4791
非ポリマー921
水3,495194
1
A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Geranylgeranyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1424
ポリマ－82,9572
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_674x-y+1,-y+2,-z-1/31
Buried area4550 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area26820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.434, 125.434, 52.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Geranylgeranyl pyrophosphate synthase


分子量: 41478.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13032 / 遺伝子: Cgl2172 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q8NNM1, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 37221 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.609 / Num. unique all: 4613 / Χ2: 0.81 / % possible all: 95.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.115 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1870 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 37221 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.93 Å2 / Biso mean: 34.455 Å2 / Biso min: 17.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20.05 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2523 0 6 194 2723
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0212586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.9653510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9565337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.36424.083120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62715430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9751522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2409
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2733.51657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.216502643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.22350929
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7434.5864
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 131 -
Rwork0.207 2566 -
all-2697 -
obs--99.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.4547 Å / Origin y: 94.4191 Å / Origin z: 1.0118 Å
111213212223313233
T0.0717 Å20.0069 Å2-0.0016 Å2-0.0339 Å20.0248 Å2--0.0221 Å2
L0.2987 °20.5006 °2-0.2764 °2-1.4213 °2-0.3503 °2--0.5109 °2
S-0.0496 Å °0.0492 Å °0.0207 Å °0.0527 Å °0.1305 Å °0.0393 Å °0.0254 Å °-0.1011 Å °-0.0809 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 370
2X-RAY DIFFRACTION1A500
3X-RAY DIFFRACTION1A381 - 575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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