PDB-3lk1: X-ray structure of bovine SC0322,Ca(2+)-S100B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lk1

タイトル

X-ray structure of bovine SC0322,Ca(2+)-S100B

要素

Protein S100-B

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / EF hand / Alpha helical / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Charpentier, T.H. / Weber, D.J. / Wilder, P.W.

引用

ジャーナル: Int J High Throughput Screen / 年: 2010
タイトル: In vitro screening and structural characterization of inhibitors of the S100B-p53 interaction.
著者: Wilder, P.T. / Charpentier, T.H. / Liriano, M.A. / Gianni, K. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Coop, A. / Toth, E.A. / Mackerell, A.D. / Weber, D.J.

履歴

登録	2010年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lk1.cif.gz	52 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lk1.ent.gz	37.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lk1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3lk1_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3lk1_full_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示
XML形式データ	3lk1_validation.xml.gz	6.6 KB	表示
CIF形式データ	3lk1_validation.cif.gz	8.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lk1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/3lk1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lk0C 3lleC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iqo-2 3gk2-1 3iqo-1 1mho-1 1vgf-2 2z4o-d 6piq-2 1uhn-d 4pdz-d 3gk1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

A: Protein S100-B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.194, 88.792, 58.996
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-138- HOH

#1: タンパク質	Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein subunit beta / S-100 protein beta chain 分子量: 10414.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pET11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION 分子量: 229.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅Hg
#4: 化合物	ChemComp-JKE / 2-sulfanylbenzoic acid / チオサリチル酸分子量: 154.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEGMME550, CaCl2, MgCl2, SC0322, HEPES buffer, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97607 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97607 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 7607 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Χ²: 1.22 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	3.4	0.308	297	0.853	33.4
1.86-1.94	3.8	0.27	477	0.87	54.8
1.94-2.03	4.3	0.244	674	1.048	76.4
2.03-2.13	5.1	0.201	785	1.191	89.5
2.13-2.27	5.8	0.151	859	1.333	96.8
2.27-2.44	6.5	0.13	890	1.339	99.9
2.44-2.69	6.9	0.102	905	1.173	99.9
2.69-3.08	6.8	0.078	888	1.187	99.9
3.08-3.88	6.5	0.053	921	1.281	99.9
3.88-50	6.4	0.044	911	1.275	93.3

-
位相決定

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.5 Å
Translation	2.5 Å	29.5 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.79→29.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.277 / WR_factor R_work: 0.231 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.833 / SU B: 6.64 / SU ML: 0.106 / SU R Cruickshank DPI: 0.174 / SU R_free: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	364	4.8 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.198	7593	84.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 447.11 Å² / B_iso mean: 49.817 Å² / B_iso min: 37.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→29.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	694	0	15	47	756

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.427	1.965	958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.772	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.557	26.389	36
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.211	15	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.691	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.187	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.165	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.164	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.558	1.5	451
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.806	2	697
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.497	3	295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.285	4.5	261

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.84 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	12	-
R_work	0.236	188	-
all	-	200	-
obs	-	-	30.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.4199	-7.0713	7.1293	63.1761	-4.1961	24.2491	-0.1393	-0.1335	0.8244	-1.2259	0.5578	-1.8171	0.6508	1.1627	-0.4185	-0.1546	-0.0056	-0.0391	-0.1674	-0.0122	0.1036	3.175	-5.8918	2.5575
2	3.1629	-12.6881	-2.8727	52.588	12.8878	3.7101	-0.1815	-0.4643	-0.2821	0.8167	0.5415	-0.5451	-0.0712	0.5447	-0.36	-0.0171	-0.0202	-0.0876	-0.1349	0.0181	-0.0641	-1.6632	5.4507	6.5898
3	7.3057	0.0507	-2.8456	5.7084	0.1655	8.4656	-0.1109	-0.4458	0.2407	0.576	0.0029	-0.1921	-0.453	0.0761	0.108	-0.1338	-0.0141	-0.0194	-0.2019	-0.0134	-0.1562	-5.5622	16.2905	4.8908
4	7.0948	-1.256	-2.2138	6.4506	0.015	5.3708	0.0389	0.239	-0.0567	-0.4155	-0.1176	0.4114	-0.1392	-0.0565	0.0787	-0.1452	-0.0151	-0.0226	-0.182	-0.0242	-0.1397	-10.9824	16.9433	-5.1511
5	6.0901	-2.6569	-2.9671	13.6623	4.3755	8.5956	-0.1949	-0.3747	-0.3042	0.725	0.2616	0.7156	0.0859	0.0913	-0.0667	-0.1642	-0.0208	0.0735	-0.1923	0.0443	0.0041	-12.6618	8.3837	3.437
6	25.3815	6.3681	-18.7978	4.267	1.8202	29.9287	-1.2537	2.004	-0.6077	-1.7978	0.8577	-0.0382	0.8231	-1.0268	0.396	0.267	-0.1781	0.0393	0.0295	0.0207	0.1874	-8.0756	1.9937	-11.7932

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 63
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	64 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	79 - 87

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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