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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ljr | ||||||
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タイトル | GLUTATHIONE TRANSFERASE (THETA CLASS) FROM HUMAN IN COMPLEX WITH THE GLUTATHIONE CONJUGATE OF 1-MENAPHTHYL SULFATE | ||||||
![]() | GLUTATHIONE S-TRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Glutathione conjugation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / extracellular exosome / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rossjohn, J. / Mckinstry, W.J. / Oakley, A.J. / Verger, D. / Flanagan, J. / Chelvanayagam, G. / Tan, K.L. / Board, P.G. / Parker, M.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human theta class glutathione transferase: the crystal structure reveals a sulfate-binding pocket within a buried active site. 著者: Rossjohn, J. / McKinstry, W.J. / Oakley, A.J. / Verger, D. / Flanagan, J. / Chelvanayagam, G. / Tan, K.L. / Board, P.G. / Parker, M.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 493.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 528.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.197043, 0.980821, -0.010087), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27537.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P30712, UniProt: P0CG30*PLUS, glutathione transferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 277 or 295 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.84 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→15 Å / Num. obs: 8401 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 91.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 16845 / Rmerge(I) obs: 0.142 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.3→15 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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