PDB-3ljn: Ankyrin repeat protein from Leishmania major

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ljn

タイトル

Ankyrin repeat protein from Leishmania major

要素

hypothetical protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / ankyrin / Structural Genomics / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / ANK repeat / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

axoneme
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania major (大形リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Holmes, M.A. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Ankyrin repeat protein from Leishmania major
著者: Merritt, E.A. / Holmes, M.A. / Napuli, A. / Kalyuzhniy, O. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, L.M.J. / Hol, W.G.J.

履歴

登録	2010年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ljn.cif.gz	128.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ljn.ent.gz	105.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ljn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ljn_validation.pdf.gz	424.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ljn_full_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示
XML形式データ	3ljn_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	3ljn_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3ljn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/3ljn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2bxw-d 3o01-2 3ks2-3 3ks2-2 3ffl-1 7a26-3 1xl3-2 2zbi-2 3ks2-9 5ob3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Lmaj003965AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.293, 85.656, 76.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 41122.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ankyrin repeat 由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア) 株: Friedlin / 遺伝子: LmjF29.1100, LMJ_0751 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR / 参照: UniProt: Q4FXU4, UniProt: E9ADW8*PLUS

#1: タンパク質

hypothetical protein

分子量: 41122.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ankyrin repeat
由来: (組換発現)

Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: LmjF29.1100, LMJ_0751 / プラスミド: PET3A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR / 参照: UniProt: Q4FXU4, UniProt: E9ADW8*PLUS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9 詳細: protein buffer 25 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl; crystallization buffer 100 mM NaCl, 100 mM MMT pH 9.0, 22% PEG 2000MME, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97954, 0.97963, 0.95369

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月7日

放射

プロトコル: three wavelength MAD / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97954	1
2	0.97963	1
3	0.95369	1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 8482 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.13 / Χ²: 1.348 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.9-3	2.4	0.928	742	0.912	85.9
3-3.12	3	0.562	820	0.878	94.3
3.12-3.27	3.4	0.426	832	1.108	97.2
3.27-3.44	3.6	0.329	870	1.234	97.9
3.44-3.65	3.6	0.228	855	1.552	98.4
3.65-3.94	3.6	0.164	855	1.878	97.6
3.94-4.33	3.6	0.119	865	1.49	97.4
4.33-4.96	3.6	0.094	871	1.465	96.8
4.96-6.24	3.6	0.096	866	1.327	95.2
6.24-50	3.4	0.061	906	1.261	92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0096	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.9→45.925 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / WR_factor R_free: 0.284 / WR_factor R_work: 0.219 / ESU R: 1.078 / ESU R Free: 0.479 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2949	455	5.373 %
R_work	0.2287	-	-
obs	-	8469	94.944 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.078 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.357 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.279 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→45.925 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2355	0	0	0	2355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.248	1.957	3258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	3871
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.072	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.984	24.766	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.667	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.56	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2667
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.25	0.2	4

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.888-2.963	0.421	27	0.314	465	645	76.279
2.963-3.044	0.385	36	0.3	538	626	91.693
3.044-3.132	0.313	45	0.281	534	600	96.5
3.132-3.228	0.361	20	0.262	561	600	96.833
3.228-3.333	0.317	37	0.254	534	579	98.618
3.333-3.449	0.331	30	0.252	514	555	98.018
3.449-3.579	0.279	29	0.221	500	541	97.782
3.579-3.724	0.265	14	0.228	498	519	98.651
3.724-3.888	0.319	23	0.214	465	500	97.6
3.888-4.077	0.384	25	0.209	448	485	97.526
4.077-4.295	0.272	19	0.22	435	465	97.634
4.295-4.553	0.25	22	0.19	397	432	96.991
4.553-4.864	0.277	22	0.219	367	404	96.287
4.864-5.249	0.356	31	0.247	345	390	96.41
5.249-5.743	0.313	20	0.26	327	366	94.809
5.743-6.408	0.261	10	0.252	308	331	96.073
6.408-7.375	0.19	14	0.221	255	286	94.056
7.375-8.975	0.201	13	0.178	227	251	95.618
8.975-12.457	0.212	12	0.162	179	207	92.271
12.457-45.925	0.343	6	0.284	117	138	89.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	41.6422	-9.0298	-41.2514	14.6305	5.9222	41.729	0.9535	-0.3066	1.1897	0.3544	0.2988	0.6296	-1.2583	-0.0683	-1.2523	0.7968	0.1561	-0.2012	0.7784	-0.2058	0.5849	14.8338	6.3336	73.0548
2	1.9937	-0.407	-0.5369	4.8272	-0.6968	3.7615	0.0501	0.1107	-0.1147	-0.0019	-0.0967	0.0506	0.0407	0.0503	0.0466	0.1959	-0.031	0.0114	0.1746	-0.0114	0.2247	15.6721	4.0244	60.4596
3	2.0963	-1.8289	0.3171	7.4355	-4.5771	4.318	-0.3116	0.081	0.2453	0.1055	0.1826	0.0197	-0.1601	0.1795	0.129	0.3866	-0.0001	-0.0454	0.46	-0.044	0.4209	12.8206	7.5856	45.5793
4	3.5127	1.1328	-1.3335	6.861	0.7107	5.7583	-0.0985	-0.3052	0.0844	0.0481	0.049	-0.1793	-0.1765	0.1831	0.0495	0.3143	-0.0455	-0.0347	0.2654	-0.0012	0.2389	12.6149	11.2945	36.1901
5	1.1624	-0.6928	0.7355	3.2164	-2.419	1.9098	-0.0228	0.1938	-0.1992	0.0964	-0.1703	-0.3672	0.0665	0.2253	0.1931	0.5033	0.0527	-0.0886	0.4003	-0.077	0.3797	7.2011	10.9051	26.1376
6	26.4975	-9.6325	5.6937	8.1877	-1.7271	6.2398	-0.123	-1.0207	-0.8321	-0.2005	0.3352	0.3718	0.5131	-0.0729	-0.2122	0.5504	-0.0143	-0.0829	0.2971	-0.0112	0.4257	1.3116	8.9585	20.1523
7	5.7734	1.0961	0.6751	4.1842	0.3102	3.6291	0.0249	0.1335	-0.3023	-0.0794	-0.0325	0.0767	0.1313	-0.1138	0.0076	0.2874	0.0191	-0.0168	0.1456	0.0036	0.1974	-2.9849	19.4897	8.7102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	12 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	21 - 86
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	87 - 132
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	133 - 181
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	A	182 - 221
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	A	222 - 237
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	A	238 - 315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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