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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lix | ||||||
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タイトル | crystal structure of htlv protease complexed with the inhibitor KNI-10729 | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J. / Kiso, Y. / Wlodawer, A. / Gustchina, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of inhibitor complexes of human T-cell leukemia virus (HTLV-1) protease. 著者: Satoh, T. / Li, M. / Nguyen, J.T. / Kiso, Y. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 794.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 803.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 6|||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12566.579 Da / 分子数: 2 / 変異: L40I / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: prt / プラスミド: pHTLVdelta9 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / | #3: 化合物 | ChemComp-E17 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 17%PEG8000 16% PEG300 0.01M BaCl 10mM DTT, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 7455 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 59.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2B7F 解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 27.017 / SU ML: 0.284 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.407 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.229 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 875 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.701→2.771 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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