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- PDB-3lhr: Crystal structure of the SCAN domain from Human ZNF24 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lhr
タイトルCrystal structure of the SCAN domain from Human ZNF24
要素Zinc finger protein 24
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / SCAN DOMAIN / protein structure initiative / center for eukaryotic structural genomics / PSI-2 / CESG / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


myelination / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm ...myelination / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA breaking-rejoining enzymes fold / DNA breaking-rejoining enzymes / SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. ...DNA breaking-rejoining enzymes fold / DNA breaking-rejoining enzymes / SCAN domain / SCAN domain superfamily / SCAN domain / SCAN box profile. / leucine rich region / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Zinc finger protein 24
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Volkman, B.F. / Peterson, F.C. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the SCAN domain from Human ZNF24
著者: Volkman, B.F. / Peterson, F.C. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月30日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 24
B: Zinc finger protein 24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5267
ポリマ－21,9002
非ポリマー6255
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.055, 50.029, 91.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Zinc finger protein 24 / Zinc finger protein 191 / Zinc finger protein KOX17 / Retinoic acid suppression protein A / RSG-A / ...Zinc finger protein 191 / Zinc finger protein KOX17 / Retinoic acid suppression protein A / RSG-A / Zinc finger and SCAN domain-containing protein 3


分子量: 10950.171 Da / 分子数: 2 / 断片: SCAN BOX DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KOX17, ZNF191, ZNF24, ZSCAN3 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009[pREP4] / 参照: UniProt: P17028

-
非ポリマー , 5種, 117分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution at 1.5 mM concentration was mixed 1:1 with a reservoir solution composed of 100 mM HEPES buffer, pH 7.5, 40 mM MgCl2, 24% MEPEG 2000, 2 mM thimerosal. Crystals were ...詳細: Protein solution at 1.5 mM concentration was mixed 1:1 with a reservoir solution composed of 100 mM HEPES buffer, pH 7.5, 40 mM MgCl2, 24% MEPEG 2000, 2 mM thimerosal. Crystals were cryoprotected with reservoir solution supplemented with 10% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月24日 / 詳細: Silicon <111> monochromator, KB mirrors
放射モノクロメーター: SILICON <111> / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 15875 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.075 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. unique all: 1216 / Χ2: 0.965 / % possible all: 76.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.9 Å / D res low: 33.72 Å / FOM acentric: 0.282 / FOM centric: 0.083 / Reflection acentric: 13659 / Reflection centric: 2215
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_11.933.7200136592215
ANO_11.933.720.8480134930
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.26-33.7200126106
ISO_15.93-8.2600254113
ISO_14.87-5.9300348111
ISO_14.23-4.8700411110
ISO_13.79-4.2300482119
ISO_13.46-3.7900522111
ISO_13.21-3.4600591111
ISO_13-3.2100627114
ISO_12.83-300678112
ISO_12.69-2.8300712110
ISO_12.56-2.6900753113
ISO_12.45-2.5600793123
ISO_12.36-2.4500835111
ISO_12.27-2.3600853106
ISO_12.2-2.2700906116
ISO_12.13-2.200910116
ISO_12.06-2.1300970108
ISO_12-2.0600989110
ISO_11.95-200974108
ISO_11.9-1.950092587
ANO_18.26-33.721.58701260
ANO_15.93-8.262.33902540
ANO_14.87-5.932.14603480
ANO_14.23-4.871.82804110
ANO_13.79-4.231.68704820
ANO_13.46-3.791.68505220
ANO_13.21-3.461.63105910
ANO_13-3.211.5106270
ANO_12.83-31.34306780
ANO_12.69-2.831.15607120
ANO_12.56-2.691.00107530
ANO_12.45-2.560.8107930
ANO_12.36-2.450.69608350
ANO_12.27-2.360.58108530
ANO_12.2-2.270.47609060
ANO_12.13-2.20.40909100
ANO_12.06-2.130.34109690
ANO_12-2.060.27509820
ANO_11.95-20.24509400
ANO_11.9-1.950.21508010
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-5.483-6.146-35.941HG32.510.57
2-3.719-42.891-13.918HG32.330.48
3-2.878-41.39-12.07HG10.05
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
8.26-33.720.4970.084126106
5.93-8.260.5340.086254113
4.87-5.930.5010.116348111
4.23-4.870.4310.082411110
3.79-4.230.3890.072482119
3.46-3.790.3950.067522111
3.21-3.460.3870.068591111
3-3.210.4090.088627114
2.83-30.3960.084678112
2.69-2.830.3580.076712110
2.56-2.690.340.097753113
2.45-2.560.3210.08793123
2.36-2.450.290.07835111
2.27-2.360.2370.079853106
2.2-2.270.2270.071906116
2.13-2.20.1980.077910116
2.06-2.130.1790.08970108
2-2.060.1490.098989110
1.95-20.1320.086974108
1.9-1.950.120.10492587
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15874
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.3-10061.10.763503
4.94-6.3600.85510
4.28-4.9459.90.902514
3.86-4.2861.90.895511
3.58-3.8659.10.895512
3.36-3.5867.80.87512
3.19-3.3668.40.862509
3.05-3.1962.60.864501
2.92-3.0562.70.835519
2.81-2.9263.70.846547
2.71-2.8165.80.83567
2.62-2.7166.30.814579
2.54-2.6269.20.851592
2.47-2.5465.30.848633
2.4-2.4768.60.84630
2.34-2.470.60.861658
2.28-2.3476.20.836650
2.23-2.2869.40.821706
2.18-2.2371.80.845686
2.13-2.18770.822716
2.09-2.1377.20.813719
2.04-2.09800.773752
2.01-2.0478.70.733750
1.97-2.0182.50.694752
1.9-1.9785.90.661346

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→33.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.242 / WRfactor Rwork: 0.184 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 3.299 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.158 / SU Rfree: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 793 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.184 15873 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.63 Å2 / Biso mean: 29.163 Å2 / Biso min: 13.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1537 0 15 112 1664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0211600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.9722172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1475189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.41624.23992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.7215276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0521516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2232
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4011.5939
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46121534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9023661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3084.5635
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 52 -
Rwork0.25 959 -
all-1011 -
obs--86.56 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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