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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lhm | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURES OF THE APO-AND HOLOMUTANT HUMAN LYSOZYMES WITH AN INTRODUCED CA2+ BINDING SITE | ||||||
![]() | HUMAN LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) | ||||||
機能・相同性 | ![]() antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism ...antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / inflammatory response / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Inaka, K. / Matsushima, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of the apo- and holomutant human lysozymes with an introduced Ca2+ binding site. 著者: Inaka, K. / Kuroki, R. / Kikuchi, M. / Matsushima, M. #1: ![]() タイトル: Design and Creation of a Ca2+ Binding Site in Human Lysozyme to Enhance Structural Stability 著者: Kuroki, R. / Taniyama, Y. / Seko, C. / Nakamura, H. / Kikuchi, M. / Ikehara, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: EXPERIMENTALLY INTRODUCED CALCIUM BINDING SITE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14751.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.42 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6 / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.76 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. obs: 10402 / Num. measured all: 38241 / Rmerge(I) obs: 0.0683 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | Rfactor obs: 0.16 / 最高解像度: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.8 Å
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 9645 / Rfactor obs: 0.165 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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