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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lgx | ||||||
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タイトル | Structure of probable D-alanine-poly(phosphoribitol) ligase subunit-1 from Streptococcus pyogenes with ATP | ||||||
![]() | D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1 | ||||||
![]() | ATP binding protein / structural genomics / ATP-binding / Cytoplasm / Nucleotide-binding / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-alanine-[D-alanyl-carrier protein] ligase / D-alanine [D-alanyl carrier protein] ligase activity / lipoteichoic acid biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of probable D-alanine-poly(phosphoribitol) ligase subunit-1 from Streptococcus pyogenes with ATP 著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 395.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 323.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 69.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 93.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3l8cS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | unknown |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58143.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: M1 GAS / 遺伝子: dltA, M5005_Spy1073, SPy_1312 / プラスミド: BC-pSGX4(BC) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 149144 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 7.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3L8C 解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.273 / WRfactor Rwork: 0.215 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.794 / SU B: 11.174 / SU ML: 0.243 / SU R Cruickshank DPI: 0.606 / SU Rfree: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 99.75 Å2 / Biso mean: 50.971 Å2 / Biso min: 17.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.604→2.672 Å / Total num. of bins used: 20
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