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- PDB-3lgv: H198P mutant of the DegS-deltaPDZ protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lgv
タイトルH198P mutant of the DegS-deltaPDZ protease
要素Protease degS
キーワードHYDROLASE / protease / stress-sensor / HtrA / PDZ OMP / Serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, DegS / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Peptidase S1C, DegS / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine endoprotease DegS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.734 Å
データ登録者Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Allostery is an intrinsic property of the protease domain of DegS: implications for enzyme function and evolution.
著者: Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.
履歴
登録2010年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease degS
B: Protease degS
C: Protease degS
D: Protease degS
E: Protease degS
F: Protease degS
G: Protease degS
H: Protease degS
I: Protease degS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,6429
ポリマ－232,6429
非ポリマー00
水3,747208
1
A: Protease degS
B: Protease degS
C: Protease degS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5473
ポリマ－77,5473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area25690 Å2
手法PISA
2
D: Protease degS
E: Protease degS
F: Protease degS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5473
ポリマ－77,5473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
3
G: Protease degS
H: Protease degS
I: Protease degS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,5473
ポリマ－77,5473
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.540, 133.565, 230.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Protease degS


分子量: 25849.145 Da / 分子数: 9 / 断片: protease domain / 変異: h198p / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3235, degS, hhoB, htrH, JW3204 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90(DE3)
参照: UniProt: P0AEE3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Sodium Cacodylate, 50-125 Sodium Citrate, 10-20 % isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5416 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: Varimax-HF
放射モノクロメーター: Varimax-HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5416 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.734→50 Å / Num. obs: 55922 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.734-2.855.30.50295.9
2.85-2.965.30.37295.4
2.96-3.15.30.26894.6
3.1-3.265.40.21394.2
3.26-3.465.50.16693.2
3.46-3.735.50.13292.1
3.73-4.115.50.11191
4.11-4.75.40.08293.6
4.7-5.9260.07199.6
5.92-506.30.04899.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
StructureStudioデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.734→33.819 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.69 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: To obtain the best possible geometry, this structure was refined with hydrogens whose coordinates were determined by the attached heavy atom. Authors state that although hydrogens cannot be ...詳細: To obtain the best possible geometry, this structure was refined with hydrogens whose coordinates were determined by the attached heavy atom. Authors state that although hydrogens cannot be visualized at this resolution, they are present and contribute to scattering. The hydrogens are kept in this entry because independent assessment of many aspects of the geometry, including steric clashes, require their presence. Moreover, removing hydrogen atoms after refinement makes independent assessment of refinement statistics effectively irreproducible.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2699 2852 5.11 %
Rwork0.2194 --
obs0.222 55770 94.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 13.855 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.626 Å2-0 Å20 Å2
2---1.757 Å2-0 Å2
3---0.131 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.734→33.819 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13375 0 0 208 13583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79318407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0924871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042428
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.734-2.78140.34681100.26322227X-RAY DIFFRACTION80
2.7814-2.83190.30741360.25822659X-RAY DIFFRACTION96
2.8319-2.88640.3261420.24852639X-RAY DIFFRACTION95
2.8864-2.94520.3441460.24052644X-RAY DIFFRACTION96
2.9452-3.00920.28491620.23442621X-RAY DIFFRACTION95
3.0092-3.07920.32351340.2182634X-RAY DIFFRACTION95
3.0792-3.15620.28121400.21932641X-RAY DIFFRACTION94
3.1562-3.24140.32511490.22672616X-RAY DIFFRACTION94
3.2414-3.33670.31421440.22472579X-RAY DIFFRACTION93
3.3367-3.44430.26831380.21672606X-RAY DIFFRACTION93
3.4443-3.56730.25791560.21232573X-RAY DIFFRACTION93
3.5673-3.710.27291400.2122548X-RAY DIFFRACTION91
3.71-3.87860.28351140.21762567X-RAY DIFFRACTION91
3.8786-4.08270.24191300.20482545X-RAY DIFFRACTION90
4.0827-4.3380.22451390.17662588X-RAY DIFFRACTION92
4.338-4.67220.20871540.15882671X-RAY DIFFRACTION95
4.6722-5.14090.19621390.17352847X-RAY DIFFRACTION99
5.1409-5.88140.25951550.19592841X-RAY DIFFRACTION100
5.8814-7.39720.26721670.23252875X-RAY DIFFRACTION100
7.3972-33.8220.26871570.24592997X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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