PDB-3lgi: Structure of the protease domain of DegS (DegS-deltaPDZ) at 1.65 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lgi

タイトル

Structure of the protease domain of DegS (DegS-deltaPDZ) at 1.65 A

要素

Protease degS

キーワード

HYDROLASE / protease / stress-sensor / HtrA / PDZ OMP / Serine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase Do / cellular response to misfolded protein / serine-type peptidase activity / peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.652 Å

データ登録者

Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Allostery is an intrinsic property of the protease domain of DegS: implications for enzyme function and evolution.
著者: Sohn, J. / Grant, R.A. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2010年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lgi.cif.gz	267.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lgi.ent.gz	219.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lgtC 3lguC 3lgvC 3lgwC 3lgyC 3lh1C 3lh3C 2qf3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5znp-d 4rpi-d 5vae-1 5deo-d 5wpa-d 1uk4-d 6rjv-2 5wwo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease degS

B: Protease degS

C: Protease degS

ヘテロ分子

76.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.384, 72.762, 128.877
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease degS 分子量: 25531.799 Da / 分子数: 3 / 断片: protease domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3235, degS, hhoB, htrH, JW3204 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90(DE3) 参照: UniProt: P0AEE3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40-100 mM Sodium Cacodylate, 10-20 % isopropanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月10日 / 詳細: crystal monochrometer

放射

モノクロメーター: 24id-c / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→100 Å / Num. obs: 79543 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.65-1.68	4.2	0.481	94.8
1.68-1.71	4.7	0.429	97.8
1.71-1.74	5.4	0.38	99.3
1.74-1.78	11.1	0.317	100
1.78-1.82	14.7	0.257	100
1.82-1.86	14.7	0.219	100
1.86-1.9	14.7	0.177	100
1.9-1.96	14.7	0.142	100
1.96-2.01	14.7	0.123	100
2.01-2.08	14.7	0.107	100
2.08-2.15	14.7	0.092	100
2.15-2.24	14.8	0.084	100
2.24-2.34	14.7	0.078	100
2.34-2.46	14.7	0.072	100
2.46-2.62	14.7	0.064	100
2.62-2.82	14.6	0.062	100
2.82-3.11	14.5	0.06	100
3.11-3.55	14	0.061	100
3.55-4.48	13.8	0.048	100
4.48-100	13.4	0.041	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.652→31.681 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.84 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: To obtain the best possible geometry, this structure was refined with hydrogens whose coordinates were determined by the attached heavy atom. Authors state that although hydrogens cannot be ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1815	3982	5.01 %
R_work	0.1519	-	-
obs	0.1534	79450	99.38 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.204 Å² / k_sol: 0.38 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.644 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.737 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.763 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.652→31.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4899	0	10	836	5745

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5213
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	7147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.456	1938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.652-1.6724	0.2247	116	0.1955	2397	X-RAY DIFFRACTION	89
1.6724-1.6936	0.2238	99	0.1911	2593	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6936-1.7159	0.2162	132	0.182	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7159-1.7394	0.209	162	0.1686	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7394-1.7642	0.1787	120	0.1673	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7642-1.7906	0.1922	152	0.1498	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7906-1.8185	0.1943	167	0.1451	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8185-1.8483	0.1504	137	0.1454	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8483-1.8802	0.1916	121	0.1421	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8802-1.9144	0.1842	150	0.1471	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9144-1.9512	0.1839	164	0.1453	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9512-1.991	0.1942	144	0.146	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
1.991-2.0343	0.1765	154	0.1458	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0343-2.0816	0.2112	138	0.1389	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0816-2.1337	0.1615	160	0.1348	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1337-2.1914	0.1636	164	0.1351	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1914-2.2558	0.1809	137	0.1368	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2558-2.3286	0.1544	122	0.1381	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3286-2.4118	0.1646	141	0.1332	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4118-2.5083	0.167	135	0.1372	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5083-2.6224	0.1695	142	0.137	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6224-2.7606	0.184	139	0.1449	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7606-2.9335	0.1619	134	0.146	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9335-3.1598	0.1718	148	0.1403	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1598-3.4774	0.1745	127	0.1446	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4774-3.9798	0.1761	147	0.1355	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9798-5.0109	0.147	154	0.1279	2789	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0109-31.6868	0.2076	176	0.2117	2909	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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