ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SBC-Collect | | データ収集 | HKL-3000 | | データ収集 | HKL-3000 | | 位相決定 | SHELX | | モデル構築 | MLPHARE | | 位相決定 | 直接法 | | モデル構築 | SOLVE | | 位相決定 | RESOLVE | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.4_147)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | SHELX | | 位相決定 | 直接法 | | 位相決定 | RESOLVE | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法 : 単波長異常分散 / 解像度: 2.77→33.2 Å / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
| Rfactor![](img/lk-wikipe.gif) | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree![](img/lk-wikipe.gif) | 0.223 | 184 | 4.52 % | random |
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Rwork![](img/lk-wikipe.gif) | 0.175 | - | - | - |
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all![](img/lk-wikipe.gif) | 0.177 | 4075 | - | - |
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obs | 0.177 | 4075 | 99.61 % | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 8.077 Å2 / ksol: 0.256 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -4.8993 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -4.8993 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 3.7544 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→33.2 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 760 | 0 | 16 | 30 | 806 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.014 | 794 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.462 | 1075 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d20.029 | 287 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.09 | 111 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 139 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7682→33.2209 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2227 | 184 | - |
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Rwork | 0.1752 | 3891 | - |
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obs | - | 4075 | 100 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.1741 Å / Origin y: 7.7438 Å / Origin z: 6.5028 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0858 Å2 | -0.0229 Å2 | 0.013 Å2 | - | 0.0387 Å2 | 0.0166 Å2 | - | - | 0.0538 Å2 |
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L | 1.8049 °2 | -1.4734 °2 | -0.0055 °2 | - | 1.8641 °2 | -0.6014 °2 | - | - | 1.2523 °2 |
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S | 0.0223 Å ° | -0.1764 Å ° | 0.1764 Å ° | -0.1845 Å ° | -0.1382 Å ° | -0.1629 Å ° | 0.0961 Å ° | 0.0626 Å ° | 0.095 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: Chain A |
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