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万見
- PDB-3lgb: Crystal Structure of the Fe-S Domain of the yeast DNA primase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lgb
タイトルCrystal Structure of the Fe-S Domain of the yeast DNA primase
要素DNA primase large subunit
キーワードTRANSFERASE / DNA primase / Fe-S cluster / DNA-binding / DNA-directed RNA polymerase / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Primosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / DNA replication initiation / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA replication initiation / double-strand break repair ...Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / DNA replication initiation / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Polymerase switching / alpha DNA polymerase:primase complex / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication, synthesis of primer / DNA replication initiation / double-strand break repair / nuclear envelope / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase, large subunit, eukaryotic / DNA primase large subunit, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic and archaeal DNA primase, large subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / DNA primase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Sauguet, L. / Pellegrini, L.
引用ジャーナル: PLOS ONE / 年: 2010
タイトル: Shared Active Site Architecture between the Large Subunit of Eukaryotic Primase and DNA Photolyase
著者: Sauguet, L. / Klinge, S. / Perera, R.L. / Maman, J.D. / Pellegrini, L.
履歴
登録2010年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月5日Group: Experimental preparation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase large subunit
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2899
ポリマ－45,8862
非ポリマー1,4037
水8,935496
1
A: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7714
ポリマ－22,9431
非ポリマー8283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5185
ポリマ－22,9431
非ポリマー5754
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.570, 86.570, 141.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA primase large subunit / DNA primase 58 kDa subunit / DNA polymerase alpha:primase complex p58 subunit / Pol alpha-primase ...DNA primase 58 kDa subunit / DNA polymerase alpha:primase complex p58 subunit / Pol alpha-primase complex p58 subunit / DNA polymerase-primase complex p58 subunit


分子量: 22943.127 Da / 分子数: 2 / 断片: Fe-S DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PRI2, YKL045W, YKL258 / プラスミド: pRSF Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3)
参照: UniProt: P20457, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 503分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M TrisHCl pH 7.5, 1mM Zn acetate, 11% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9793 Å
検出器日付: 2009年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→29.34 Å / Num. obs: 88345 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 18.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 20.7 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 12872 / Rsym value: 0.778 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.54→29.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9632 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9629 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1643 4430 5.02 %RANDOM
Rwork0.1542 ---
obs0.1547 88274 100 %-
all-88274 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1548 Å20 Å20 Å2
2---1.1548 Å20 Å2
3---2.3096 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.155 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→29.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3091 0 54 496 3641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013304HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.934478HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1225SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes85HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes483HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3304HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.47
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.88
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion418SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4322SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.54→1.58 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 350 5.52 %
Rwork0.1759 5988 -
all0.1765 6338 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5064-0.2177-0.4681.35780.71431.4288-0.034-0.0139-0.01820.1010.0522-0.05770.0283-0.0065-0.0182-0.0332-0.00130.0026-0.058-0.0052-0.054724.23154.3916.6716
21.13140.5507-0.8310.6848-0.79341.0921-0.00650.01690.01470.11090.09280.062-0.0524-0.0945-0.0863-0.0097-0.00030.0121-0.04230.0221-0.038332.477834.0622-0.0666
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A316 - 511
2X-RAY DIFFRACTION2B317 - 512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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