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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lga | ||||||
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タイトル | Crystal structure of P. abyssi tRNA m1A58 methyltransferase in complex with S-adenosyl-L-homocysteine | ||||||
要素 | SAM-dependent methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / RNA methyltransferase / m1A / TrmI / intermolecular contacts / region-specificity / tetramer / disulfide bond / hyperthermostability / Methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA (adenine57-N1/adenine58-N1)-methyltransferase / tRNA (adenine(57)-N1)/(adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (adenine(58)-N1)-methyltransferase activity / tRNA (m1A) methyltransferase complex / tRNA methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus abyssi (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Guelorget, A. / Golinelli-Pimpaneau, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010 タイトル: Insights into the hyperthermostability and unusual region-specificity of archaeal Pyrococcus abyssi tRNA m1A57/58 methyltransferase. 著者: Guelorget, A. / Roovers, M. / Guerineau, V. / Barbey, C. / Li, X. / Golinelli-Pimpaneau, B. #1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004 タイトル: A primordial RNA modification enzyme: the case of tRNA (m1A) methyltransferase 著者: Roovers, M. / Wouters, J. / Bujnicki, J.M. / Tricot, C. / Stalon, V. / Grosjean, H. / Droogmans, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3lga.cif.gz | 220.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3lga.ent.gz | 177.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3lga.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3lga_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3lga_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3lga_validation.xml.gz | 42.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3lga_validation.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lga ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/3lga | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28920.662 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / 遺伝子: PAB0283 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q9V1J7, EC: 2.1.1.36 #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月26日 / 詳細: bi-morph mirrors |
放射 | モノクロメーター: cryogenically cooled monochromator crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→34.86 Å / Num. obs: 162057 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 34.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 23768 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3LHD 解像度: 2.05→34.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.7 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.427 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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