PDB-3lft: The Crystal Structure of the ABC domain in complex with L-Trp fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lft

タイトル

The Crystal Structure of the ABC domain in complex with L-Trp from Streptococcus pneumonia to 1.35A

要素

uncharacterized protein

キーワード

structure genomics / unknown function / ABC / ATPase / cassette / L-Trp / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

: / ABC transporter, substrate-binding protein / ABC transporter substrate binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Mulligan, R. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: to be published

履歴

登録	2010年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lft.cif.gz	136.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lft.ent.gz	106.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/3lft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dkv-3 5dkv-2 6guq-d 3by2-d 1j2f-2 4ru1-9 2vsw-3 4tkz-3 5z3r-2 3fxs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86683.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

62.6 kDa, 2 ポリマー
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1

A: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	54.619, 68.630, 137.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 31110.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) 株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1069 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97QX5, UniProt: A0A0H2UPV6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M Magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月17日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 113883 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.095 / Χ²: 2.68 / Net I/σ(I): 8.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.35-1.4	5.3	0.767	11274	1.101	1	100
1.4-1.45	5.3	0.546	11255	1.09	1	100
1.45-1.52	5.3	0.382	11316	1.165	1	100
1.52-1.6	5.4	0.269	11278	1.282	1	100
1.6-1.7	5.4	0.209	11302	1.512	1	100
1.7-1.83	5.4	0.156	11344	1.912	1	99.9
1.83-2.02	5.4	0.119	11370	2.714	1	99.9
2.02-2.31	5.4	0.101	11420	3.916	1	99.8
2.31-2.91	5.4	0.091	11496	5.135	1	99.9
2.91-50	5.3	0.07	11828	6.743	1	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.35→36.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.206 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 1.893 / SU ML: 0.037 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	5696	5 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.183	113740	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→36.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4183	0	30	541	4754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.335	1.981	6046
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.255	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.833	27.737	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.635	15	731
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.589	1.5	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.005	2	4847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.815	3	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.742	4.5	1174

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.35-1.385	0.317	387	0.283	7713	8321	97.344
1.385-1.422	0.282	353	0.247	7753	8120	99.828
1.422-1.464	0.224	404	0.215	7536	7949	99.887
1.464-1.509	0.232	416	0.193	7264	7686	99.922
1.509-1.558	0.21	404	0.177	7047	7455	99.946
1.558-1.612	0.206	334	0.17	6874	7211	99.958
1.612-1.673	0.208	351	0.166	6594	6952	99.899
1.673-1.741	0.192	309	0.164	6423	6738	99.911
1.741-1.819	0.177	324	0.161	6142	6470	99.938
1.819-1.907	0.182	330	0.164	5847	6184	99.887
1.907-2.01	0.196	264	0.172	5599	5870	99.881
2.01-2.132	0.188	300	0.18	5268	5578	99.821
2.132-2.278	0.19	266	0.171	5003	5277	99.848
2.278-2.46	0.182	239	0.178	4656	4898	99.939
2.46-2.693	0.214	257	0.19	4279	4540	99.912
2.693-3.009	0.219	199	0.195	3933	4139	99.831
3.009-3.471	0.214	173	0.181	3473	3655	99.754
3.471-4.241	0.184	149	0.165	2983	3135	99.904
4.241-5.957	0.188	143	0.177	2324	2475	99.677
5.957-36.289	0.221	94	0.224	1333	1487	95.965

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7716	-0.4773	-0.1081	1.4548	-0.0909	0.8873	0.0695	0.1378	-0.0807	-0.1296	-0.0651	0.055	0.0405	-0.0396	-0.0044	0.0698	-0.0048	-0.0093	0.0567	-0.0028	0.009	5.7543	2.3347	-7.9787
2	15.0806	-4.1288	1.0401	8.0549	-0.3912	3.669	-0.092	0.0064	-0.1419	0.0664	0.1088	0.6182	-0.0208	-0.194	-0.0168	0.0596	-0.0324	-0.0142	0.0749	0.0243	0.0949	-6.3827	-0.0109	-4.1795
3	9.0192	1.2064	-0.0766	1.6745	-0.2282	1.2452	0.0206	0.1762	-0.1094	-0.1838	-0.04	0.1106	0.0892	-0.1532	0.0194	0.148	-0.006	-0.0093	0.12	0.0003	0.0578	4.734	5.8654	-13.1603
4	5.9537	-0.6397	-0.5851	4.0796	0.0295	3.1184	0.0109	0.2753	0.1182	-0.2668	0.0427	0.1156	-0.0237	-0.1354	-0.0536	0.0916	0.0052	-0.0002	0.0788	0.044	0.0388	9.6399	15.754	-14.174
5	1.238	-0.1976	-0.0721	1.2529	-0.2682	0.7249	0.014	0.0309	0.1785	0.0166	0.0153	-0.0101	-0.1197	-0.0797	-0.0293	0.0616	0.0097	0.0069	0.0465	0.0185	0.0396	7.2254	13.4638	-3.2551
6	6.4346	-0.7752	-2.5694	4.5086	0.6876	3.2277	0.0427	-0.1301	0.2433	-0.044	-0.0357	-0.0259	-0.2914	0.079	-0.007	0.087	-0.0199	-0.0164	0.0522	-0.0104	0.0518	12.1116	15.4627	7.489
7	1.0707	-0.5366	-0.0403	1.375	-0.0564	0.4701	-0.0208	-0.0643	0.0822	0.0911	0.0302	-0.0483	-0.0849	0.0066	-0.0094	0.059	-0.0006	-0.0045	0.035	0.0061	0.0122	8.7488	8.8403	7.8324
8	4.6656	-2.2447	2.3873	8.6636	-1.6483	3.3964	-0.2694	-0.5692	-0.1028	0.8498	0.171	0.0825	-0.1284	-0.2014	0.0984	0.1181	0.0184	-0.0037	0.0927	0.0293	0.0295	20.5388	-6.433	14.8125
9	1.6525	0.2585	-0.2173	1.4299	-0.3811	1.4236	0.03	-0.1015	0.0024	0.0619	-0.105	-0.2198	0.0136	0.1778	0.075	0.0486	-0.0074	-0.0154	0.0783	0.0228	0.0646	27.5145	-2.6815	7.0437
10	6.8577	-3.0383	0.0826	14.6429	-0.0597	9.3413	-0.1114	-0.3756	0.5211	0.2993	-0.0108	-0.2809	-0.3357	0.3058	0.1222	0.0733	-0.0318	-0.045	0.1093	-0.0357	0.0944	26.0339	2.962	12.4683
11	10.0026	1.5641	-3.5845	2.591	-2.3221	11.6271	-0.023	-0.9328	0.2265	0.1183	-0.0493	-0.0719	-0.2046	0.3562	0.0723	0.1039	-0.0231	-0.0705	0.1773	0.0098	0.1054	30.6562	-2.0755	15.3276
12	1.6661	-0.5297	0.4123	1.8819	-0.7624	2.0437	0.0889	0.1281	0.0775	-0.2231	-0.1323	-0.2878	0.0332	0.1226	0.0434	0.1066	0.0068	0.0341	0.1557	0.0461	0.1417	34.1761	-0.5263	-4.0025
13	1.5389	-0.6278	-0.0061	1.1344	-0.0059	0.5667	0.0981	0.2217	-0.0619	-0.1507	-0.1508	-0.1536	0.1139	0.1409	0.0526	0.0733	0.0357	0.0168	0.1011	0.0289	0.0761	27.0457	-7.4275	-1.2658
14	3.5638	-0.9859	1.9167	3.588	-2.6477	10.4072	0.1765	0.2972	-0.2611	-0.3631	-0.1366	0.1047	0.3244	0.0301	-0.0399	0.0835	0.0268	0.0074	0.0423	-0.0133	0.0764	21.2365	-13.4547	-0.702
15	5.0948	-2.4838	1.7071	1.3846	-0.9547	0.6965	-0.0266	-0.0354	-0.1936	0.0181	0.055	0.0934	0.024	-0.0318	-0.0284	0.0608	0.0016	0.0094	0.0382	0.0041	0.0481	7.3786	-3.8011	3.0633
16	3.4613	-1.7303	-0.4271	4.8068	1.9251	2.8721	-0.0227	-0.1095	-0.1216	0.0415	-0.0657	0.1526	-0.0755	-0.1869	0.0884	0.0578	0.0032	0.0105	0.0712	0.0129	0.0507	-5.5166	8.8301	1.1451
17	2.3071	-1.5045	0.1411	4.5546	-0.4009	1.9461	-0.0663	-0.0539	0.07	0.1041	0.0605	0.0291	-0.0727	-0.0816	0.0058	0.0525	0.001	0.004	0.0474	0.006	0.0055	2.7465	9.5231	8.4831
18	5.2181	-5.098	-5.3079	9.9282	5.7772	12.4563	0.0568	-0.095	-0.3059	0.2529	-0.033	0.1082	-0.1018	-0.0908	-0.0238	0.048	-0.0183	0.0013	0.0193	0.0158	0.0932	15.3044	-12.5111	7.5724
19	15.0456	-2.6357	2.5546	7.1114	-0.7121	3.7909	-0.1758	-0.061	-0.2335	0.0745	0.1217	0.1205	0.2033	0.0951	0.0541	0.1222	0.0533	0.0223	0.0769	-0.0031	0.1048	26.3163	-21.8076	2.7187
20	7.3018	-3.1941	2.9402	3.4821	-0.9793	4.4825	-0.0269	-0.2691	-0.3712	0.235	0.0622	0.1284	0.2458	0.067	-0.0353	0.134	-0.0273	0.0083	0.0722	0.0316	0.1406	17.6185	-19.8544	9.7188
21	1.6166	1.5424	-0.9889	6.3988	-1.7093	2.4823	0.0029	0.0625	0.1983	0.4514	0.4123	0.737	-0.1712	-0.3022	-0.4152	0.097	0.0672	0.0674	0.188	0.1196	0.1505	-19.1124	-8.0392	38.0639
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33	2.256	0.5289	-1.5235	3.3948	-1.394	2.6395	-0.0182	-0.1869	-0.0421	0.2203	-0.0878	-0.2872	-0.0385	0.1817	0.106	0.1225	0.0001	-0.0478	0.133	0.0479	0.0834	6.6533	-5.5512	35.5577
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39	2.5742	-0.143	1.1698	0.2901	-0.426	3.3362	0.103	0.1011	0.031	0.0018	0.0488	0.0458	-0.1195	0.0349	-0.1518	0.1297	0.0236	-0.0046	0.0595	-0.0158	0.0454	-3.2592	14.319	20.8899
40	0.6999	-1.1752	2.0341	2.2415	-3.4553	14.6873	0.0567	-0.1881	-0.078	-0.0518	0.3645	0.1478	0.3826	-0.1756	-0.4212	0.1227	0.0108	-0.0223	0.1521	0.0135	0.1456	-12.6934	10.9462	19.5307

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	49 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	81 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	110 - 141
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	142 - 150
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	151 - 167
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	168 - 172
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	173 - 199
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	200 - 204
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	205 - 214
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	215 - 234
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	235 - 271
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	272 - 278
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	279 - 292
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	293 - 302
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	303 - 313
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	314 - 320
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	321 - 329
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	330 - 343
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	52 - 71
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	72 - 88
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	89 - 94
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	95 - 103
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	104 - 113
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	114 - 130
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	131 - 143
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	144 - 161
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	162 - 179
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	180 - 202
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	203 - 209
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	210 - 215
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	216 - 234
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37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	304 - 314
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	315 - 322
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	323 - 336
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	337 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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