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- PDB-3lfk: A reported archaeal mechanosensitive channel is a structural homo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lfk
タイトルA reported archaeal mechanosensitive channel is a structural homolog of MarR-like transcriptional regulators
要素MarR Like Protein, TVG0766549
キーワードUNKNOWN FUNCTION / multiple antibiotic resistance regulator / transcriptional regulator / winged helix-turn-helix motif / mechanosensitive channel
機能・相同性: / MLPTv-like, helix-turn-helix domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / CITRIC ACID / TVG0766549 protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Liu, Z. / Walton, T.A. / Rees, D.C.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: A reported archaeal mechanosensitive channel is a structural homolog of MarR-like transcriptional regulators.
著者: Liu, Z. / Walton, T.A. / Rees, D.C.
履歴
登録2010年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MarR Like Protein, TVG0766549
B: MarR Like Protein, TVG0766549
C: MarR Like Protein, TVG0766549
D: MarR Like Protein, TVG0766549
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9169
ポリマ－58,3394
非ポリマー5765
水9,908550
1
A: MarR Like Protein, TVG0766549
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6812
ポリマ－14,5851
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MarR Like Protein, TVG0766549
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8734
ポリマ－14,5851
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MarR Like Protein, TVG0766549


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5851
ポリマ－14,5851
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MarR Like Protein, TVG0766549
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7772
ポリマ－14,5851
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.130, 88.335, 115.212
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MarR Like Protein, TVG0766549 / MscTV


分子量: 14584.857 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 株: GSS1 / 遺伝子: TV0762, TVG0766549 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21GOLD (DE3) / 参照: UniProt: Q97AP8
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 22-26% PEG 550MME, 80 mM ammonium sulfate, 85 mM citric acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月30日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 89296 / Num. obs: 89296 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 8785 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHELXS位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.6→48.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 222580.27 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 4300 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 85295 96.6 %-
all-85296 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9368 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20 Å20 Å2
2--2.01 Å20 Å2
3----1.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3644 0 33 550 4227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 664 5 %
Rwork0.266 12624 -
obs--91.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4CIT_par.txtCIT_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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