PDB-3lec: The Crystal Structure of a protein in the NADB-Rossmann Superfami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lec

タイトル

The Crystal Structure of a protein in the NADB-Rossmann Superfamily from Streptococcus agalactiae to 1.8A

要素

NADB-Rossmann Superfamily protein

キーワード

structure genomics / unknown function / NADB / Rossmann / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (adenine(22)-N1)-methyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Hatzos, C. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a protein in the NADB-Rossmann Superfamily from Streptococcus agalactiae to 1.8A
著者: Stein, A.J. / Hatzos, C. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年1月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lec.cif.gz	63.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lec.ent.gz	46.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3lec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/3lec	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gnlS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gg6-1 7ats-d 4htu-1 4g3d-3 1vpd-d 2q9b-1 4hue-1 3os5-d 3cvg-1 4cvn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63914

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADB-Rossmann Superfamily protein

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: NADB-Rossmann Superfamily protein

ヘテロ分子

A: NADB-Rossmann Superfamily protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.444, 62.871, 61.784
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.770, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	NADB-Rossmann Superfamily protein 分子量: 26178.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 株: 2603V/R / 遺伝子: SAG1203 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DZA6
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化	温度: 289 K / pH: 7 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Tris pH 7.0, 0.2M Lithium sulfate, vapor diffusion, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月19日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19085 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.551 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
PHASER		位相決定

精密化

開始モデル: 3GNL

3gnl

解像度: 1.8→37.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 3.211 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	979	5.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.209	19083	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1755	0	16	118	1889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.306	1.977	2450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.471	5	229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.819	25.714	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.439	15	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.882	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	1126
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.293	2	1809
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.363	3	679
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.663	4.5	638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	65	-
R_work	0.26	1255	-
obs	-	-	93.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2462	3.0327	-0.928	5.4106	-3.2237	2.091	0.0289	-0.1929	0.1313	-0.2707	-0.2066	-0.2305	0.1998	0.1102	0.1777	0.1685	0.011	-0.0053	0.2071	-0.0084	0.1776	-17.8157	-29.492	-12.189
2	3.8915	1.6374	1.9187	4.6261	1.0033	4.8398	0.1162	0.2122	-0.2344	-0.1062	0.0468	-0.1822	0.001	0.2086	-0.1629	0.0678	0.0016	0.0273	0.1435	-0.0031	0.0873	-9.3948	-17.6395	-17.8258
3	7.5123	-1.6061	2.8615	0.3467	-0.5188	4.1363	0.0545	0.0314	-0.2797	-0.0105	0.0116	0.0604	0.1207	0.0817	-0.0662	0.1173	-0.0058	-0.0112	0.1504	-0.0128	0.1283	-11.7612	-12.2573	-6.647
4	4.1088	-0.0966	-0.4412	6.5839	-2.6845	4.7061	0.0465	0.1885	-0.1212	-0.228	0.0277	-0.0006	-0.1612	-0.0227	-0.0742	0.05	-0.01	0.0144	0.1421	-0.0392	0.0506	-17.4259	-18.6254	-11.7593
5	6.8729	-4.6308	0.5175	5.9804	0.8501	4.0005	0.0549	-0.0429	-0.1392	0.0856	0.0121	-0.0974	0.1713	0.1843	-0.067	0.0812	-0.0439	0.0021	0.1616	0.0251	0.0869	-13.7107	-17.4363	-5.5411
6	4.5587	-2.2689	-0.3009	6.425	1.6362	1.4315	0.0587	-0.1281	-0.2075	-0.0747	-0.0427	0.2639	0.0562	-0.3803	-0.016	0.1165	-0.0251	0.0386	0.2534	0.0084	0.1123	-25.8349	-17.0284	-5.9705
7	2.2853	1.247	-1.296	4.6156	1.9107	3.4928	0.0905	0.0204	0.1309	0.3587	0.0662	0.0951	-0.2045	-0.0756	-0.1567	0.1595	0.0091	0.0285	0.2002	0.0024	0.1054	-18.3157	-8.8205	-2.2982
8	3.7225	0.9781	1.8402	1.0294	1.5973	11.5589	-0.0797	-0.2269	0.1713	0.1621	-0.1571	-0.1075	-0.0732	0.0149	0.2368	0.1146	-0.0102	-0.005	0.1496	-0.0043	0.1029	-9.7558	-7.698	-2.3547
9	7.5894	1.2799	1.1035	0.9691	1.0574	1.1912	-0.0858	-0.1419	0.6023	0.052	0.0031	0.1562	0.0133	0.0337	0.0827	0.2058	0.0156	0.0615	0.1687	-0.0111	0.1948	-15.1213	-0.9105	-17.3674
10	2.7096	-3.8794	0.3579	7.8423	1.1361	3.3952	-0.0212	-0.3911	0.1735	0.2688	0.0618	0.121	-0.2148	-0.0729	-0.0406	0.2186	-0.0957	0.0665	0.2863	-0.0757	0.2266	-8.2608	1.3816	-5.8852
11	5.2536	0.1343	1.7501	4.4288	-3.4779	7.2083	0.0054	0.0241	0.0864	-0.1446	0.1834	-0.0079	-0.0565	-0.3803	-0.1888	0.0916	0.0192	0.0301	0.129	-0.0213	0.0714	-10.565	-5.1465	-20.2842
12	3.24	2.5586	1.2498	2.1541	1.5964	3.5859	-0.0209	0.06	0.2529	-0.0546	-0.0018	0.1474	-0.2406	0.0057	0.0227	0.0991	-0.0217	0.025	0.1919	0.0472	0.1704	-3.6258	2.2337	-17.9356
13	4.4201	2.3871	2.8096	5.5019	2.3996	7.1304	-0.0774	-0.1174	-0.1502	-0.267	-0.1232	0.3513	0.2615	-0.5769	0.2006	0.1028	-0.0282	0.0298	0.2144	-0.0093	0.129	-8.4227	-13.045	-26.0016
14	6.5177	5.0382	3.7292	4.2017	3.0733	4.5599	-0.0283	0.1629	-0.0239	-0.0683	0.0908	0.0306	-0.184	-0.0031	-0.0625	0.0383	0.0212	0.0068	0.1497	-0.0022	0.0932	-3.6567	-5.7856	-19.1766
15	3.2622	3.5198	0.458	7.741	0.9928	1.5299	0.0246	0.1407	0.155	0.0096	-0.1278	-0.291	-0.2015	0.2147	0.1032	0.1855	-0.0197	0.0179	0.2599	0.0239	0.1523	0.8113	-0.0114	-27.1091
16	12.3633	5.8658	9.4679	12.0539	8.4652	9.4439	-0.0475	0.2544	-0.7501	0.0269	0.3875	-0.5018	0.1196	0.5299	-0.3399	0.1794	0.0039	0.0642	0.2575	0.0784	0.2396	-0.0191	-10.9529	-31.9027
17	8.1596	-5.8125	6.5864	8.2594	-6.4856	7.6333	0.0328	0.1161	-0.1596	-0.2567	0.0237	0.0324	0.2483	0.0981	-0.0565	0.0813	-0.0503	0.0319	0.1595	-0.0043	0.0915	-10.0021	-4.2231	-40.3684
18	4.7818	8.1477	5.4445	17.2701	7.7759	6.9254	-0.5051	0.1862	0.3171	-0.9896	0.3572	0.7519	-0.4143	0.136	0.148	0.2887	-0.0115	-0.0398	0.3153	0.0728	0.2967	-15.6246	11.5897	-46.7698
19	8.5607	-7.3533	0.1322	14.0546	-2.5933	0.8027	0.2873	-0.1661	0.4576	0.0407	-0.1148	0.0743	-0.0858	0.0555	-0.1725	0.1467	-0.0753	0.0122	0.2275	0.0004	0.1611	-7.7373	7.8793	-40.2551
20	9.1465	-10.1228	-2.9523	18.6748	1.9331	1.1913	-0.8287	0.2277	-0.1512	-0.7689	0.7279	-0.06	0.5741	-0.2449	0.1008	0.4694	-0.2078	0.0853	0.4401	-0.0023	0.0849	-0.331	-1.8189	-40.115

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 4
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	5 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	18 - 27
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	28 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	37 - 50
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	51 - 68
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	69 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	83 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	94 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	105 - 116
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	117 - 126
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	127 - 140
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	141 - 151
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	152 - 163
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	164 - 175
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	176 - 184
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	185 - 199
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	200 - 207
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	208 - 219
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	220 - 224

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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