PDB-3ldv: 1.77 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ldv

タイトル

1.77 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

キーワード

LYASE (リアーゼ) /

Orotidine 5'-Phosphate Decarboxylase /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) /

Infectious Diseases (感染) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases /

Decarboxylase (脱炭酸酵素) /

Pyrimidine biosynthesis / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase /

orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Glass, E.M. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.77 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Halavaty, A.S. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Glass, E.M. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ldv.cif.gz	204.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ldv.ent.gz	164.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ldv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ldv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1l2uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ztb-2 4d1c-d 5ztb-3 1dkn-d 3vm7-d 6xsj-2 1dkq-d 3mjc-2 3kwx-d 6yq9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90525

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.300, 94.675, 99.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 27776.820 Da / 分子数: 2 / 断片: orotidine 5'-phosphate decarboxylase / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: pyrF, VC_1911 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPLus 参照: UniProt: Q9KQT7, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.46 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 7 詳細: 7mg/mL protein, The PACT Suite condition #34 (C10), 1:1 v/v ratio, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日 / 詳細: BE LENSES/DIAMOND LAUE MONO
放射	モノクロメーター: DIAMOND[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→30 Å / Num. obs: 43787 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 23.15
反射シェル	解像度: 1.77→1.8 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1L2U

1l2u

解像度: 1.77→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.901 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	2205	5 %	RANDOM
R_work	0.154	-	-	-
obs	0.155	41524	99.4 %	-
all	-	41524	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.095 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.82 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3637	0	5	603	4245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2534
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.98	5065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.858	3	6232
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.529	5	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.78	24.211	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.316	15	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.69	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	581
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.719	1.5	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.223	1.5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.273	2	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.12	3	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.612	4.5	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.77→1.82 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	164	-
R_work	0.229	2912	-
obs	-	-	95.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.404	0.0491	0.5987	2.4001	-1.3708	2.8106	-0.0096	0.0981	0.1385	-0.0958	-0.1108	-0.1445	-0.0593	0.2017	0.1204	0.0336	-0.0035	0.0225	0.0623	0.0084	0.1027	27.923	67.5135	16.2993
2	0.8915	0.0479	0.1141	1.4618	-0.847	2.1328	0.0099	-0.077	0.0411	-0.0189	0.0268	0.0559	0.0062	-0.185	-0.0367	0.0007	0.0001	0.0029	0.0582	-0.0171	0.0555	14.7595	61.9597	26.824
3	1.2759	0.485	0.72	0.5976	0.4239	4.0491	-0.0111	0.0199	-0.0454	-0.1358	0.0525	0.0107	0.1675	-0.0353	-0.0414	0.059	-0.0044	-0.0141	0.0655	-0.0009	0.1033	9.2963	56.0704	11.174
4	7.5751	-0.8469	0.4096	2.7906	-2.049	5.3653	-0.0888	0.9398	0.1362	-0.6097	0.0421	-0.315	0.5059	0.4631	0.0467	0.1856	-0.0467	0.0313	0.223	-0.0323	0.0864	25.3478	63.9318	2.6745
5	1.7929	-0.1858	1.3802	2.0705	-1.1479	3.8159	-0.0423	-0.1333	0.0918	0.2	-0.0889	-0.1787	-0.2458	0.1472	0.1312	0.049	-0.0369	-0.0268	0.0965	-0.0241	0.0941	30.8908	62.8899	45.0979
6	0.8691	0.1491	0.1216	1.3648	-0.5431	1.6634	-0.0005	-0.0386	-0.0359	-0.0976	-0.0326	-0.1285	0.1409	0.0809	0.0331	0.0161	0.002	0.0171	0.049	0.0012	0.0729	27.1751	50.6659	33.1525
7	1.1673	0.308	-0.3458	2.7706	0.0149	2.972	-0.0176	-0.172	0.0008	0.2095	-0.0289	0.0036	0.1565	-0.0138	0.0464	0.0536	-0.0013	-0.0033	0.0588	0.0039	0.0769	21.2766	42.5421	45.713
8	1.0668	0.5914	0.4946	3.7076	0.2474	1.285	0.0762	-0.2337	0.0656	0.4487	-0.1231	-0.0428	-0.02	-0.0518	0.0469	0.1075	-0.0515	-0.0124	0.1307	-0.021	0.0744	27.5257	54.8407	56.0221

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	51 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	208 - 230
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	44 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	141 - 194
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	195 - 231

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関連情報:EMDBヘッダ

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