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- PDB-5ztb: Structure of Sulfurtransferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ztb
タイトルStructure of Sulfurtransferase
要素
  • Sulfur carrier protein TtuB
  • tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
キーワードRNA BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / Sulfur transfer / iron-sulfur cluster / tRNA binding protein / complex / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-5-methyluridine54 2-sulfurtransferase / cytosolic tRNA wobble base thiouridylase complex / tRNA wobble position uridine thiolation / tRNA processing / transferase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / nucleotide binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1 / tRNA thiolation protein, TtcA/Ctu1 type / : / 2-thiouridine synthetase TtuA, N-terminal LIM domain / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop domain / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / HUPs ...Cytoplasmic tRNA 2-thiolation protein 1 / tRNA thiolation protein, TtcA/Ctu1 type / : / 2-thiouridine synthetase TtuA, N-terminal LIM domain / tRNA(Ile)-lysidine/2-thiocytidine synthase, N-terminal / PP-loop domain / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / HUPs / Beta-grasp domain superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IRON/SULFUR CLUSTER / tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase / Sulfur carrier protein TtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Chen, M. / Narai, S. / Yao, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science15J01961 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: The [4Fe-4S] cluster of sulfurtransferase TtuA desulfurizes TtuB during tRNA modification in Thermus thermophilus.
著者: Chen, M. / Ishizaka, M. / Narai, S. / Horitani, M. / Shigi, N. / Yao, M. / Tanaka, Y.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Sulfur carrier protein TtuB
B: tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
D: Sulfur carrier protein TtuB
A: tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
F: Sulfur carrier protein TtuB
C: tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,62826
ポリマ－133,8956
非ポリマー3,73320
水2,000111
1
E: Sulfur carrier protein TtuB
B: tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,09811
ポリマ－44,6322
非ポリマー1,4669
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
2
D: Sulfur carrier protein TtuB
A: tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7177
ポリマ－44,6322
非ポリマー1,0865
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
3
F: Sulfur carrier protein TtuB
C: tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8138
ポリマ－44,6322
非ポリマー1,1826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)165.622, 82.770, 138.495
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 EDFBAC

#1: タンパク質 Sulfur carrier protein TtuB / 2-thiouridine synthesis sulfur carrier protein TtuB / Ubiquitin-like S-donor protein TtuB / ...2-thiouridine synthesis sulfur carrier protein TtuB / Ubiquitin-like S-donor protein TtuB / Ubiquitin-like protein modifier TtuB / tRNA two-thiouridine-synthesizing protein B


分子量: 8379.415 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: ttuB, TT_C0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72LF4
#2: タンパク質 tRNA-5-methyluridine(54) 2-sulfurtransferase / 2-thiouridine synthetase TtuA / tRNA two-thiouridine-synthesizing protein A


分子量: 36252.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: ttuA, TT_C0106 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q72LF3, tRNA-5-methyluridine54 2-sulfurtransferase

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非ポリマー , 6種, 131分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.0, 15%(w/v) PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.901 Å / Num. obs: 84554 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 3.46 % / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→45.901 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.59
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2409 4197 4.97 %
Rwork0.2155 --
obs0.2168 84477 98.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8894 0 164 111 9169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86312450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2743588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.031384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041582
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.2250.35491360.29692604X-RAY DIFFRACTION97
2.225-2.25120.31331370.28812627X-RAY DIFFRACTION97
2.2512-2.27860.32991360.28692634X-RAY DIFFRACTION98
2.2786-2.30750.34421410.28452705X-RAY DIFFRACTION99
2.3075-2.33780.32211390.26842671X-RAY DIFFRACTION99
2.3378-2.36990.26491430.26672730X-RAY DIFFRACTION99
2.3699-2.40370.31761380.26612624X-RAY DIFFRACTION99
2.4037-2.43960.30491440.25452708X-RAY DIFFRACTION99
2.4396-2.47770.28451380.25332651X-RAY DIFFRACTION99
2.4777-2.51830.29031420.25972683X-RAY DIFFRACTION99
2.5183-2.56170.28541390.25622690X-RAY DIFFRACTION99
2.5617-2.60830.26741410.24582665X-RAY DIFFRACTION99
2.6083-2.65850.28491400.24462685X-RAY DIFFRACTION99
2.6585-2.71270.28331380.24882663X-RAY DIFFRACTION98
2.7127-2.77170.28781380.26042644X-RAY DIFFRACTION97
2.7717-2.83620.33791440.26892673X-RAY DIFFRACTION99
2.8362-2.90710.30211260.25322672X-RAY DIFFRACTION99
2.9071-2.98570.2791520.26222698X-RAY DIFFRACTION99
2.9857-3.07350.29041320.26252687X-RAY DIFFRACTION99
3.0735-3.17270.28521310.25012700X-RAY DIFFRACTION99
3.1727-3.28610.28761470.25672681X-RAY DIFFRACTION99
3.2861-3.41760.2591420.2422684X-RAY DIFFRACTION99
3.4176-3.57310.25131340.22342635X-RAY DIFFRACTION97
3.5731-3.76140.22181410.21152688X-RAY DIFFRACTION99
3.7614-3.99690.24931370.19582694X-RAY DIFFRACTION99
3.9969-4.30530.2161390.18742702X-RAY DIFFRACTION99
4.3053-4.73820.17371480.16872677X-RAY DIFFRACTION98
4.7382-5.42290.20021420.17742651X-RAY DIFFRACTION97
5.4229-6.82870.21181410.19242726X-RAY DIFFRACTION99
6.8287-45.91050.18371510.15992728X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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