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- PDB-3ldb: Structure of JMJD6 complexd with ALPHA-KETOGLUTARATE and Fab Fragment. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ldb
タイトルStructure of JMJD6 complexd with ALPHA-KETOGLUTARATE and Fab Fragment.
要素
  • (antibody Fab fragment ...) x 2
  • Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
キーワードIMMUNE SYSTEM / JMJ6D / ALPHA-KETOGLUTARATE / Fab Fragments
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylase activity ...peptidyl-lysine hydroxylation to 5-hydroxy-L-lysine / histone H3R2 demethylase activity / peptidyl-lysine 5-dioxygenase activity / histone H4R3 demethylase activity / recognition of apoptotic cell / negative regulation of protein homooligomerization / oxidative RNA demethylation / oxidative RNA demethylase activity / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / protein demethylase activity / macrophage activation / transcription regulator activator activity / membraneless organelle assembly / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / sprouting angiogenesis / histone demethylase activity / erythrocyte development / Protein hydroxylation / P-TEFb complex binding / phagocytosis / lung development / RNA splicing / HDMs demethylate histones / kidney development / protein homooligomerization / mRNA processing / T cell differentiation in thymus / signaling receptor activity / retina development in camera-type eye / heart development / cell surface receptor signaling pathway / single-stranded RNA binding / chromatin remodeling / iron ion binding / ribonucleoprotein complex / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #270 / : / Monooxygenase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Immunoglobulins ...Monooxygenase - #270 / : / Monooxygenase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / : / : / Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Cricetulus migratorius (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hong, X. / Zang, J. / White, J. / Kappler, J.W. / Wang, C. / Zhang, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Interaction of JMJD6 with single-stranded RNA.
著者: Hong, X. / Zang, J. / White, J. / Wang, C. / Pan, C.H. / Zhao, R. / Murphy, R.C. / Dai, S. / Henson, P. / Kappler, J.W. / Hagman, J. / Zhang, G.
履歴
登録2010年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6
B: antibody Fab fragment light chain
C: antibody Fab fragment heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,43431
ポリマ－87,5453
非ポリマー2,88928
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.381, 138.381, 183.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bifunctional arginine demethylase and lysyl-hydroxylase JMJD6 / Histone arginine demethylase JMJD6 / Peptide-lysine 5-dioxygenase JMJD6 / Lysyl-hydroxylase JMJD6 / ...Histone arginine demethylase JMJD6 / Peptide-lysine 5-dioxygenase JMJD6 / Lysyl-hydroxylase JMJD6 / JmjC domain-containing protein 6 / Jumonji domain-containing protein 6 / Phosphatidylserine receptor / Protein PTDSR


分子量: 39437.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JMJD6, JMJD6 (1-403), KIAA0585, PTDSR / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q6NYC1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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抗体 , 2種, 2分子 BC

#2: 抗体 antibody Fab fragment light chain


分子量: 24100.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma / 発現宿主: Cricetulus migratorius (ネズミ)
#3: 抗体 antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 24007.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cricetulus migratorius (ネズミ) / Cell: hybridoma / 発現宿主: Cricetulus migratorius (ネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 28分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID


分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#7: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Bis(2-hydroxyethyl)-amino-tris(hydroxymethyl)-methane, 2.1 M Ammonium Sulphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111
シンクロトロンALS 8.2.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年10月10日
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年10月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→99 Å / Num. all: 54702 / Num. obs: 48696 / % possible obs: 89 % / Biso Wilson estimate: 66.1 Å2

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3LD8, JMJD6, and Fab Fragment

3ld8


解像度: 2.7→47.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 3487182.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2024 5 %RANDOM
Rwork0.25 ---
obs0.25 40520 81.7 %-
all-55302 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.7914 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 83.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.72 Å20 Å20 Å2
2--10.72 Å20 Å2
3----21.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.48 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.86 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6072 0 138 0 6210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it7.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.112
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.152.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 135 4.5 %
Rwork0.427 2861 -
obs--36.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3gol.pargol.top
X-RAY DIFFRACTION4akg.parakg.top
X-RAY DIFFRACTION5water_rep.paramwater_rep.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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