PDB-3ld3: Crystal structure of inorganic phosphatase from anaplasma phagocy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ld3

タイトル

Crystal structure of inorganic phosphatase from anaplasma phagocytophilum at 1.75a resolution

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of inorganic phosphatase from anaplasma phagocytophilum at 1.75a resolution
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Davies, D. / Staker, B.

履歴

登録	2010年1月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ld3.cif.gz	85.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ld3.ent.gz	64.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ld3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ld3_validation.pdf.gz	448.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ld3_full_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示
XML形式データ	3ld3_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	3ld3_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ld3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/3ld3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fq3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3sw5-d 1qez-d 2bqx-1 1ude-1 2au7-1 3emj-1 3emj-2 1ygz-2 1obw-1 3d53-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: AnphA.01382.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

44 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.380, 135.380, 135.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase 分子量: 21886.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア) 株: HZ / 遺伝子: ppa, APH_1101 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2GJ02, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.92 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: JCSG+ SCREEN CONDITION C6: 100MM PHOSPHATE/CITRATE PH 4.2, 40% PEG 300; ANPHA.01382.A AT 45MG/ ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 / 波長: 0.9765 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日 / 詳細: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→20 Å / Num. all: 41592 / Num. obs: 41385 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 30.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 30.24
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3040 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FQ3 MODIFIED WITH CCP4 PROGRAM CHAINSAW

3fq3

解像度: 1.75→19.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 4.852 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.182	2062	5 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
all	0.161	41592	-	-
obs	0.161	41385	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2597	0	10	256	2863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.959	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.883	3	4431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.646	5	376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.905	24.874	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.697	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.809	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.923	1.5	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.22	1.5	700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	2	2863
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.322	3	1004
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.793	4.5	923
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	136	-
R_work	0.201	2879	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7763	0.1138	0.1624	0.2726	0.1291	-0.0021	-0.0328	0.1782	0.1483	0.0818	0.0777	0.0807	0.0537	0.1236	-0.045	0.0888	0.0747	0.0299	0.3239	0.0825	0.1581	53.621	46.55	27.659
2	0.8104	0.0028	0.2833	0.1036	0.1225	0.576	-0.0504	0.1378	0.109	0.0108	0.0343	0.1611	0.0981	0.1207	0.016	0.0923	0.0164	-0.0117	0.1869	0.1256	0.2609	23.785	41.707	15.446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	200
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	179 - 322
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	200
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	179 - 292

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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