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- PDB-3lcm: Crystal structure of Smu.1420 from Streptococcus mutans UA159 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lcm
タイトルCrystal structure of Smu.1420 from Streptococcus mutans UA159
要素Putative oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH:quinone oxidoreductase / MdaB / Smu.1420
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Wang, Z.X. / Su, X.-D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural and biochemical characterization of MdaB from cariogenic Streptococcus mutans reveals an NADPH-specific quinone oxidoreductase
著者: Wang, Z.X. / Li, L. / Dong, Y.H. / Su, X.-D.
履歴
登録2010年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Database references
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
C: Putative oxidoreductase
D: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,43012
ポリマ－91,3144
非ポリマー6,1168
水6,612367
1
A: Putative oxidoreductase
B: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7156
ポリマ－45,6572
非ポリマー3,0584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16780 Å2
手法PISA
2
C: Putative oxidoreductase
D: Putative oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7156
ポリマ－45,6572
非ポリマー3,0584
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.601, 79.118, 106.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Putative oxidoreductase / Smu.1420


分子量: 22828.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: smu.1420 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DTD1, EC: 1.6.99.2
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M KCl, 0.05M HEPES pH7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate(5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.425
反射解像度: 1.799→50 Å / Num. all: 77829 / Num. obs: 73792 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.076
反射 シェル解像度: 1.799→1.83 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique all: 3821 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZX1

1zx1


解像度: 1.799→29.019 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.729 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.88 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1877 2072 2.81 %
Rwork0.1603 71733 -
obs0.161 73733 94.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.14 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.34 Å2 / Biso mean: 21.748 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.697 Å20 Å2-5.601 Å2
2---1.334 Å2-0 Å2
3---3.031 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→29.019 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6044 0 265 367 6676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066503
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0348919
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5662394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063981
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7993-1.83040.3269850.26743052X-RAY DIFFRACTION98
1.8304-1.86360.2706970.25073461X-RAY DIFFRACTION98
1.8636-1.89950.2538960.2353435X-RAY DIFFRACTION98
1.8995-1.93820.2595970.22733497X-RAY DIFFRACTION98
1.9382-1.98040.2486940.21393366X-RAY DIFFRACTION98
1.9804-2.02640.219970.20893491X-RAY DIFFRACTION98
2.0264-2.07710.2185950.19873423X-RAY DIFFRACTION98
2.0771-2.13320.2756970.19223460X-RAY DIFFRACTION98
2.1332-2.1960.2105980.19113526X-RAY DIFFRACTION98
2.196-2.26680.2195980.18623506X-RAY DIFFRACTION98
2.2668-2.34780.1911000.18073591X-RAY DIFFRACTION98
2.3478-2.44180.19271020.17623658X-RAY DIFFRACTION98
2.4418-2.55290.20381050.17453728X-RAY DIFFRACTION98
2.5529-2.68740.20921040.17133760X-RAY DIFFRACTION98
2.6874-2.85560.22021050.16963762X-RAY DIFFRACTION98
2.8556-3.07590.19441050.15563793X-RAY DIFFRACTION98
3.0759-3.3850.16191070.13953809X-RAY DIFFRACTION98
3.385-3.87380.14851060.11763792X-RAY DIFFRACTION98
3.8738-4.87680.12571060.10063808X-RAY DIFFRACTION98
4.8768-29.02240.15751060.15343815X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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