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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3lcm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Smu.1420 from Streptococcus mutans UA159 | ||||||
![]() | Putative oxidoreductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NADPH:quinone oxidoreductase / MdaB / Smu.1420 | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD(P)H dehydrogenase (quinone) / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Z.X. / Su, X.-D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and biochemical characterization of MdaB from cariogenic Streptococcus mutans reveals an NADPH-specific quinone oxidoreductase 著者: Wang, Z.X. / Li, L. / Dong, Y.H. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 176.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 138.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zx1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22828.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: UA159 / 遺伝子: smu.1420 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 化合物 | ChemComp-NAP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M KCl, 0.05M HEPES pH7.5, 35% v/v Pentaerythritol propoxylate(5/4 PO/OH), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR555 FLAT PANEL / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.425 |
反射 | 解像度: 1.799→50 Å / Num. all: 77829 / Num. obs: 73792 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.076 |
反射 シェル | 解像度: 1.799→1.83 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique all: 3821 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZX1 解像度: 1.799→29.019 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.729 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.88 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.14 Å2 / ksol: 0.391 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.34 Å2 / Biso mean: 21.748 Å2 / Biso min: 12.67 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.799→29.019 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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