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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l9t | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of smu.31 from Streptococcus mutans UA159 | ||||||
要素 | Putative uncharacterized protein smu.31 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #70 / ARM repeat domains / DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.206 Å | ||||||
データ登録者 | Su, X.-D. / Cao, Q. / Liu, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: The Crystal Structure of smu.31 from Streptococcus mutans UA159 著者: Su, X.-D. / Cao, Q. / Liu, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l9t.cif.gz | 50.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l9t.ent.gz | 39.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l9t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3l9t_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3l9t_full_validation.pdf.gz | 439.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3l9t_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3l9t_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/3l9t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28449.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: smu.31 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DWL4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-EPE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.38 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14% PEG 6000, 0.1M HEPES pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9789 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 12788 / Num. obs: 12558 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 23.98 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 86.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.206→19.569 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.8 / FOM work R set: 0.836 / SU ML: 0.32 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 22.72 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.907 Å2 / ksol: 0.454 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.01 Å2 / Biso mean: 24.455 Å2 / Biso min: 9.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.206→19.569 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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