PDB-3l7h: Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain li...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l7h

タイトル

Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain light chain Roadblock structure

要素

RE64145p

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / LC7 / Km23 / Roadblock / Dynein / Light Chain / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

mushroom body development / axonemal dynein complex / cytoplasmic dynein complex / dendrite morphogenesis / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / microtubule / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Insights into dynein assembly from a dynein intermediate chain light chain Roadblock structure
著者: Hall, J. / Karplus, P.A. / Barbar, E.

履歴

登録	2009年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l7h.cif.gz	158.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l7h.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/3l7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hz5S 3l9k S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2gfg-1 5qng-2 4yi9-d 5b6c-d 5qo5-2 5qmi-1 2b3s-2 5qnm-2 1ti1-d 5qm6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RE64145p

B: RE64145p

C: RE64145p

D: RE64145p

43.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: RE64145p

C: RE64145p

ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: RE64145p

D: RE64145p

ソフトウェアが定義した集合体
21.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.218, 58.693, 65.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	RE64145p / Roadblock 分子量: 10837.399 Da / 分子数: 4 / 断片: LC7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG10751, Dmel_CG10751, robl / プラスミド: petDE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q7KMS3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20% iso-propanol, 20% PEG 4000, 100 mM sodium citrate., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 133.15 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年2月14日
放射	モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→63.72 Å / Num. all: 30082 / Num. obs: 27041 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.139 / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 1.95→2.001 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / R_sym value: 0.4 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0046	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2HZ5

2hz5

解像度: 1.95→63.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 9.401 / SU ML: 0.121 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25417	3031	10.1 %	RANDOM
R_work	0.1931	-	-	-
obs	0.19938	27041	98.77 %	-
all	-	30082	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.066 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0 Å²	0.62 Å²
2-	-	-2.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→63.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2808	0	0	258	3066

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	2897
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.931	1.965	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.627	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.565	24.841	126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.254	15	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.177	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.442	2	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.027	3	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.318	2	1081
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	17.642	3	926
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	185	-
R_work	0.28	1802	-
obs	-	-	89.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0014	0.4815	0.7977	1.4666	0.2648	1.1362	0.0739	-0.0338	-0.289	0.0201	0.0379	-0.0705	0.166	0.08	-0.1118	0.0747	-0.0023	-0.0067	0.2717	-0.0199	0.0696	25.867	19.745	62.363
2	0.9284	-0.0407	0.0767	1.6011	-0.1036	0.8718	0.0448	-0.0158	-0.1751	0.09	-0.0165	-0.0049	0.1098	-0.0811	-0.0283	0.0607	-0.0093	-0.0066	0.2983	0.0149	0.0613	9.607	10.109	33.396
3	1.9683	-0.3059	-1.3936	1.4611	-0.0783	1.4097	0.1534	-0.1533	0.2192	0.1227	-0.0173	-0.0785	-0.1076	0.1404	-0.1361	0.0685	-0.0254	0.0016	0.2832	-0.0439	0.0662	26.365	39.794	65.263
4	2.1292	0.5254	-0.3841	1.5305	0.1847	1.2259	0.0628	0.0534	0.3231	-0.1046	0.0202	0.0642	-0.1221	-0.0878	-0.0831	0.0742	0.0171	-0.0031	0.2827	0.0365	0.0858	10.185	31.356	30.924

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	5 - 94
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	5 - 94

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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