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- PDB-3l6v: Crystal Structure of the Xanthomonas campestris Gyrase A C-termin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6v
タイトルCrystal Structure of the Xanthomonas campestris Gyrase A C-terminal Domain
要素DNA gyrase subunit A
キーワードISOMERASE / gyrase A C-terminal domain / GyrA C-terminal domain / DNA wrapping / beta-strand-bearing proline / ATP-binding / Nucleotide-binding / Topoisomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A ...DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / : / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Hsieh, T.J. / Yen, T.J. / Lin, T.S. / Chang, H.T. / Huang, S.Y. / Farh, L. / Chan, N.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Twisting of the DNA binding surface by a beta-strand-bearing proline modulates DNA gyrase activity
著者: Hsieh, T.J. / Yen, T.J. / Lin, T.S. / Chang, H.T. / Huang, S.Y. / Farh, L. / Chan, N.L.
履歴
登録2009年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8412
ポリマ－79,8412
非ポリマー00
水3,171176
1
A: DNA gyrase subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9211
ポリマ－39,9211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA gyrase subunit A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9211
ポリマ－39,9211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.494, 58.968, 74.415
Angle α, β, γ (deg.)79.00, 79.78, 69.62
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A / GyrA


分子量: 39920.664 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 変異: L530M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
遺伝子: gyrA, XCC1574 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PAB1, EC: 5.99.1.3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 200mM ammonium sulfate, 100mM Bis-Tris pH 5.2-5.9, 25-29% (v/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL12B210.97960, 0.96430
シンクロトロンNSRRC BL13B121
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 4r1CCD2006年10月16日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年11月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromator (DCM)MADMx-ray1
2LN2-cooled, fixed-exit double crystal monochromator Si(1 1 1)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.96431
311
反射解像度: 2.19→29 Å / Num. all: 41787 / Num. obs: 40325 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044
反射 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.109 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.19→29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 5.305 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27059 2022 5 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
all0.22123 41787 --
obs0.22123 38303 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.405 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å2-0.23 Å20.37 Å2
2--1.11 Å20.63 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4745 0 0 176 4921
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0224808
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.9696494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8185613
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.20522.153209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.97815847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8521561
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0991.53042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0224886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00831766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.954.51608
LS精密化 シェル解像度: 2.191→2.248 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 132 -
Rwork0.235 2718 -
obs--92.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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