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- PDB-3l6a: Crystal structure of the C-terminal region of Human p97 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l6a
タイトルCrystal structure of the C-terminal region of Human p97
要素Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
キーワードTRANSLATION / C-terminal region / MA2 domain / W2 domain / eIF4G2 / eIF family
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule biosynthetic process / cell death / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / regulation of translational initiation / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of axon extension / translation initiation factor activity / negative regulation of autophagy / positive regulation of translation ...macromolecule biosynthetic process / cell death / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / translation factor activity, RNA binding / regulation of translational initiation / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of axon extension / translation initiation factor activity / negative regulation of autophagy / positive regulation of translation / adherens junction / translational initiation / ISG15 antiviral mechanism / heart development / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / axon / mRNA binding / RNA binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fan, S.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the C-terminal region of human p97/DAP5.
著者: Fan, S. / Jia, M.Z. / Gong, W.
履歴
登録2009年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年12月18日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0778
ポリマ－42,0001
非ポリマー1,0777
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.084, 102.270, 112.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2 / eIF-4-gamma 2 / eIF-4G 2 / eIF4G 2 / p97 / Death-associated protein 5 / DAP-5


分子量: 42000.266 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal region, UNP residues 540-897 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P78344

-
非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % / Mosaicity: 0.828 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.1M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH 6.0, 2% PEG MME 550, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンBSRF 3W1A11.5418
回転陽極RIGAKU20.9000, 0.9792
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 130 mm1CCD2007年8月2日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2007年10月12日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.91
30.97921
Reflection冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 22.61 / 数: 69872 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.61 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 14986 / % possible obs: 90.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955097.910.0664.7434.5
3.934.9598.910.0582.5744.7
3.443.9398.510.0621.7534.7
3.123.4496.610.0761.3384.5
2.93.1291.810.1051.1084.5
2.732.98710.1240.9084.6
2.592.7386.610.1590.8254.7
2.482.598410.1830.7464.8
2.382.4882.810.2330.6674.9
2.32.3881.710.2610.6174.8
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 28463 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.53 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
2 wavelength110.93.41-3.16
2 wavelength120.97925.55-6.63
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se28.4260.530.1360.1180.967
2Se37.1020.4380.9560.1681.321
3Se34.6870.5750.1870.1321.022
4Se27.350.460.4860.1880.823
5Se30.390.0170.490.1420.84
6Se19.1080.6180.0940.1550.708
7Se17.5040.080.4290.1340.574
8Se48.7920.4540.8170.0820.739
9Se56.2540.4810.7760.0650.924
10Se26.0420.1780.410.1570.599
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.71 / 反射: 14653 / Reflection acentric: 12520 / Reflection centric: 2133
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.6-30.1970.930.940.91788498290
4.1-6.60.90.920.8522451774471
3.3-4.10.850.850.8227112295416
2.9-3.30.690.70.6426002277323
2.5-2.90.50.490.5340523618434
2.3-2.50.270.260.3522572058199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.12位相決定
RESOLVE2.12位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→49.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.217 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1296 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 25172 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 63.78 Å2 / Biso mean: 27.407 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2836 0 67 169 3072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9984082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9415370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.61826.058137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95815575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.008157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22093
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6491.51858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08822905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66531317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6684.51166
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 106 -
Rwork0.237 1685 -
all-1791 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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