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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3l60
タイトル
Crystal structure of branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit e2 from mycobacterium tuberculosis
要素
BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETO ACID DEHYDROGENASE
キーワード
OXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / DEHYDROGENASE / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2→40 Å / Num. obs: 18995 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 23.2 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.5.0089
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.247 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22217
979
5.2 %
RANDOM
Rwork
0.18185
-
-
-
obs
0.18387
17990
100 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK