PDB-3l5a: Crystal structure of a probable NADH-dependent flavin oxidoreduct...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l5a

タイトル

Crystal structure of a probable NADH-dependent flavin oxidoreductase from Staphylococcus aureus

要素

NADH/flavin oxidoreductase/NADH oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / old yellow enzyme family / OYE-like FMN-binding domain / TIM barrel

機能・相同性

Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / TRIETHYLENE GLYCOL / :

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lam, R. / Gordon, R.D. / Vodsedalek, J. / Battaile, K.P. / Grebemeskel, S. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Mihajlovic, V. / Thompson, C.M. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a probable NADH-dependent flavin oxidoreductase from Staphylococcus aureus
著者: Lam, R. / Gordon, R.D. / Vodsedalek, J. / Battaile, K.P. / Grebemeskel, S. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Mihajlovic, V. / Thompson, C.M. / Guthrie, J. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.

履歴

登録	2009年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l5a.cif.gz	94.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l5a.ent.gz	73.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l5a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l5a_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l5a_full_validation.pdf.gz	446.2 KB	表示
XML形式データ	3l5a_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	3l5a_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/3l5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/3l5a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ah0-2 4gl3-d 3eu8-4 2ybp-2 6rtv-2 5jy9-1 3eu8-2 6ru2-2 5jy8-2 2os2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADH/flavin oxidoreductase/NADH oxidase

ヘテロ分子

48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.941, 75.342, 80.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADH/flavin oxidoreductase/NADH oxidase 分子量: 47546.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: JH1 / 遺伝子: SaurJH1_0381 / プラスミド: pW2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPlus RIPL / 参照: UniProt: A6TYH5
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG200, 0.1M MES, 5mM I3C, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日 / 詳細: Si(111) double-crystal monochromator

放射

モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 51898 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 1.929 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.65-1.69	11.4	0.405	3278	0.807	96.5
1.69-1.73	12.8	0.376	3413	0.835	99.4
1.73-1.78	14	0.303	3421	0.888	100
1.78-1.83	14.6	0.262	3406	0.981	100
1.83-1.89	14.8	0.224	3464	1.057	100
1.89-1.96	14.8	0.183	3414	1.292	100
1.96-2.03	14.9	0.145	3442	1.487	100
2.03-2.13	14.8	0.127	3450	1.757	100
2.13-2.24	14.9	0.111	3449	1.859	100
2.24-2.38	14.9	0.106	3460	2.07	100
2.38-2.56	14.9	0.103	3471	2.234	100
2.56-2.82	14.9	0.098	3481	2.676	100
2.82-3.23	14.8	0.087	3510	2.842	100
3.23-4.07	14.7	0.073	3552	2.826	100
4.07-50	13.9	0.077	3687	4.681	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.65 Å / D res low: 34.97 Å / FOM acentric: 0.585 / FOM centric: 0.214 / Reflection acentric: 47024 / Reflection centric: 4793

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	1.65	34.97	47024	4793
ANO_1	0.41	0	1.65	34.97	46752	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	7.23-34.97	0	461	219
ISO_1	5.17-7.23	0	909	240
ISO_1	4.23-5.17	0	1195	237
ISO_1	3.67-4.23	0	1432	238
ISO_1	3.29-3.67	0	1654	246
ISO_1	3-3.29	0	1839	239
ISO_1	2.78-3	0	1976	239
ISO_1	2.6-2.78	0	2156	238
ISO_1	2.46-2.6	0	2316	247
ISO_1	2.33-2.46	0	2436	245
ISO_1	2.22-2.33	0	2563	244
ISO_1	2.13-2.22	0	2708	237
ISO_1	2.05-2.13	0	2803	245
ISO_1	1.97-2.05	0	2926	242
ISO_1	1.9-1.97	0	3044	241
ISO_1	1.84-1.9	0	3146	235
ISO_1	1.79-1.84	0	3242	256
ISO_1	1.74-1.79	0	3368	244
ISO_1	1.69-1.74	0	3434	236
ISO_1	1.65-1.69	0	3416	225
ANO_1	7.23-34.97	0.229	457	0
ANO_1	5.17-7.23	0.181	909	0
ANO_1	4.23-5.17	0.259	1195	0
ANO_1	3.67-4.23	0.271	1432	0
ANO_1	3.29-3.67	0.26	1654	0
ANO_1	3-3.29	0.25	1839	0
ANO_1	2.78-3	0.257	1976	0
ANO_1	2.6-2.78	0.255	2156	0
ANO_1	2.46-2.6	0.281	2316	0
ANO_1	2.33-2.46	0.31	2436	0
ANO_1	2.22-2.33	0.356	2563	0
ANO_1	2.13-2.22	0.384	2708	0
ANO_1	2.05-2.13	0.421	2803	0
ANO_1	1.97-2.05	0.493	2926	0
ANO_1	1.9-1.97	0.564	3044	0
ANO_1	1.84-1.9	0.624	3146	0
ANO_1	1.79-1.84	0.689	3242	0
ANO_1	1.74-1.79	0.764	3368	0
ANO_1	1.69-1.74	0.837	3381	0
ANO_1	1.65-1.69	0.892	3201	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	54.198	3.27	14.37	SE	18.08	2.76
2	63.89	-8.173	13.904	SE	15.52	2.47
3	55.966	6.765	18.483	SE	18.45	2.64
4	45.192	-2.852	11.306	SE	17.38	2.41
5	63.042	-23.179	15.835	SE	16.44	2.2
6	46.162	5.041	27.143	SE	19.9	2.27
7	42.266	-5.139	10.613	SE	18.15	1.77
8	69.415	1.419	17.358	SE	20.99	1.53
9	42.879	-6.458	23.391	SE	33.87	1.53
10	60.599	-26.802	28.036	SE	33.64	1.39
11	31.403	29.178	17.852	SE	29.25	1.37
12	31.623	33.144	11.893	SE	42.55	1.7
13	41.47	30.593	12.27	SE	58.3	1.23
14	16.121	60.176	13.023	SE	21.72	0.26

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
7.23-34.97	0.764	0.243	461	219
5.17-7.23	0.739	0.209	909	240
4.23-5.17	0.68	0.202	1195	237
3.67-4.23	0.656	0.196	1432	238
3.29-3.67	0.67	0.185	1654	246
3-3.29	0.678	0.184	1839	239
2.78-3	0.681	0.207	1976	239
2.6-2.78	0.686	0.217	2156	238
2.46-2.6	0.683	0.228	2316	247
2.33-2.46	0.674	0.221	2436	245
2.22-2.33	0.65	0.216	2563	244
2.13-2.22	0.636	0.206	2708	237
2.05-2.13	0.622	0.203	2803	245
1.97-2.05	0.591	0.203	2926	242
1.9-1.97	0.569	0.208	3044	241
1.84-1.9	0.532	0.266	3146	235
1.79-1.84	0.505	0.233	3242	256
1.74-1.79	0.468	0.217	3368	244
1.69-1.74	0.433	0.215	3434	236
1.65-1.69	0.393	0.222	3416	225

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 51817

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
7.95-100	66.5	0.731	511
5.94-7.95	60.5	0.838	694
4.95-5.94	54.7	0.875	867
4.33-4.95	51.5	0.894	990
3.9-4.33	56.9	0.907	1101
3.57-3.9	52.8	0.91	1197
3.32-3.57	52	0.902	1300
3.11-3.32	51.4	0.901	1376
2.94-3.11	50.7	0.896	1469
2.79-2.94	51.9	0.898	1528
2.66-2.79	50.5	0.902	1619
2.55-2.66	49.4	0.91	1692
2.46-2.55	47.8	0.904	1747
2.37-2.46	46.6	0.914	1820
2.29-2.37	48.3	0.913	1883
2.22-2.29	49.3	0.918	1935
2.15-2.22	50.2	0.915	1993
2.09-2.15	50.2	0.916	2055
2.04-2.09	52.4	0.91	2100
1.99-2.04	52.5	0.909	2152
1.94-1.99	53.6	0.893	2199
1.9-1.94	55.7	0.885	2269
1.85-1.9	58	0.878	2330
1.82-1.85	57	0.88	2347
1.78-1.82	58.3	0.876	2416
1.75-1.78	62.9	0.871	2433
1.71-1.75	64.1	0.874	2497
1.68-1.71	68.3	0.834	2537
1.65-1.68	69.5	0.783	2760

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→34.964 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.195 / WR_factor R_work: 0.182 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1915	2642	5.099 %
R_work	0.1812	-	-
obs	-	51815	99.671 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.733 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.022 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→34.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2989	0	30	279	3298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.959	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.658	5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.899	23.862	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.968	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.404	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	454
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.714	1.5	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.338	2	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.173	3	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.618	4.5	1113

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.263	178	0.226	3463	3777	96.399
1.693-1.739	0.232	177	0.201	3493	3682	99.674
1.739-1.789	0.205	202	0.182	3410	3612	100
1.789-1.844	0.217	164	0.179	3333	3497	100
1.844-1.905	0.225	183	0.183	3198	3381	100
1.905-1.971	0.209	170	0.175	3116	3286	100
1.971-2.045	0.215	175	0.178	2992	3167	100
2.045-2.129	0.198	180	0.175	2869	3049	100
2.129-2.223	0.165	144	0.167	2801	2945	100
2.223-2.331	0.175	136	0.175	2672	2808	100
2.331-2.456	0.214	110	0.171	2569	2679	100
2.456-2.605	0.2	124	0.182	2440	2564	100
2.605-2.783	0.225	136	0.187	2258	2394	100
2.783-3.005	0.174	112	0.188	2102	2214	100
3.005-3.289	0.191	94	0.185	1984	2078	100
3.289-3.673	0.16	97	0.175	1803	1900	100
3.673-4.234	0.171	95	0.166	1576	1671	100
4.234-5.166	0.15	72	0.166	1359	1431	100
5.166-7.228	0.213	58	0.22	1091	1149	100
7.228-34.964	0.178	35	0.207	644	702	96.724

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)