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Yorodumi- PDB-3l5a: Crystal structure of a probable NADH-dependent flavin oxidoreduct... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l5a | ||||||
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Title | Crystal structure of a probable NADH-dependent flavin oxidoreductase from Staphylococcus aureus | ||||||
Components | NADH/flavin oxidoreductase/NADH oxidase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / old yellow enzyme family / OYE-like FMN-binding domain / TIM barrel | ||||||
Function / homology | Aldolase class I / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / TRIETHYLENE GLYCOL / : Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.65 Å | ||||||
Authors | Lam, R. / Gordon, R.D. / Vodsedalek, J. / Battaile, K.P. / Grebemeskel, S. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Mihajlovic, V. / Thompson, C.M. ...Lam, R. / Gordon, R.D. / Vodsedalek, J. / Battaile, K.P. / Grebemeskel, S. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Mihajlovic, V. / Thompson, C.M. / Guthrie, J. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of a probable NADH-dependent flavin oxidoreductase from Staphylococcus aureus Authors: Lam, R. / Gordon, R.D. / Vodsedalek, J. / Battaile, K.P. / Grebemeskel, S. / Lam, K. / Romanov, V. / Chan, T. / Mihajlovic, V. / Thompson, C.M. / Guthrie, J. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l5a.cif.gz | 94.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3l5a.ent.gz | 73.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l5a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3l5a_validation.pdf.gz | 442.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3l5a_full_validation.pdf.gz | 446.2 KB | Display | |
Data in XML | 3l5a_validation.xml.gz | 18.3 KB | Display | |
Data in CIF | 3l5a_validation.cif.gz | 27 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/3l5a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/3l5a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47546.336 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: JH1 / Gene: SaurJH1_0381 / Plasmid: pW2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)CodonPlus RIPL / References: UniProt: A6TYH5 | ||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 30% PEG200, 0.1M MES, 5mM I3C, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-BM / Wavelength: 0.9792 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 2, 2009 / Details: Si(111) double-crystal monochromator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→50 Å / Num. obs: 51898 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.929 / Net I/σ(I): 14.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: SAD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD | D res high: 1.65 Å / D res low: 34.97 Å / FOM acentric: 0.585 / FOM centric: 0.214 / Reflection acentric: 47024 / Reflection centric: 4793 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 51817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.65→34.964 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / WRfactor Rfree: 0.195 / WRfactor Rwork: 0.182 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.083 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.733 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→34.964 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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