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- PDB-3l4p: Crystal structure of the Aldehyde Dehydrogenase (a.k.a. AOR or MO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l4p
タイトルCrystal structure of the Aldehyde Dehydrogenase (a.k.a. AOR or MOP) of Desulfovibrio gigas covalently bound to [AsO3]-
要素Aldehyde oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Molybdenum-containing enzymes / Aldehyde oxidoreductase / Xanthine oxidase family / Reduced form / Arsenite inhibition / 2Fe-2S / FAD / Flavoprotein / Iron / Iron-sulfur / Metal-binding / Molybdenum / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) / aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily ...Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ARSENITE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / ISOPROPYL ALCOHOL / : / Chem-PCD / UREA / Aldehyde oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Boer, D.R. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2007
タイトル: Correlating EPR and X-ray structural analysis of arsenite-inhibited forms of aldehyde oxidoreductase.
著者: Thapper, A. / Boer, D.R. / Brondino, C.D. / Moura, J.J. / Romao, M.J.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2010年2月16日ID: 1ZCS
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年11月13日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.32023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,18825
ポリマ－97,1411
非ポリマー2,04724
水25,9961443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aldehyde oxidoreductase
ヘテロ分子

A: Aldehyde oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,37550
ポリマ－194,2812
非ポリマー4,09448
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area56640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.890, 142.890, 161.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1457-

CA

21A-1703-

HOH

31A-2123-

HOH

41A-2125-

HOH

51A-2544-

HOH

61A-2797-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aldehyde oxidoreductase / Molybdenum iron sulfur protein


分子量: 97140.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Desulfovibrio gigas (バクテリア)
参照: UniProt: Q46509, aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)

-
非ポリマー , 10種, 1467分子

#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-URE / UREA / 尿素


分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2O
#7: 化合物 ChemComp-PCD / (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V) / MOLYBDENUM COFACTOR / MOCO


分子量: 844.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26MoN8O16P2S2
#8: 化合物 ChemComp-AST / ARSENITE / アルセナイト


分子量: 122.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AsO3
#9: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#10: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE IDENTITY OF THE UREA MOLECULE (RESIDUE URE 926 IN CHAIN A) HAS NOT BEEN CONFIRMED EXPERIMENTALLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 30% isopropanol 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.6 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月10日
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→19.474 Å / Num. obs: 169887 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 17.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 16.61
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 1.93 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Mean I/σ(I) obs: 3.05 / Num. unique all: 15967 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDC(ESRF)データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.4_4)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vlb

1vlb


解像度: 1.45→19.442 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.12 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 13.96 / 立体化学のターゲット値: cctbx (Phenix project) / 詳細: maximum-likelihood target
Rfactor反射数%反射
Rfree0.166 8513 5.01 %
Rwork0.142 161351 -
obs0.143 169864 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.251 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.56 Å2 / Biso mean: 14.092 Å2 / Biso min: 2.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.539 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.539 Å20 Å2
3----3.078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7215 0 92 1444 8751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26510185
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0781116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1592796
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.4670.2722710.2724971524293
1.467-1.4840.252760.22153545630100
1.484-1.5020.222880.20153015589100
1.502-1.5210.1992940.18553265620100
1.521-1.5410.1952490.17853585607100
1.541-1.5620.192550.16853585613100
1.562-1.5840.1912880.16553365624100
1.584-1.6080.1942560.15653575613100
1.608-1.6330.1662960.14853175613100
1.633-1.660.193150.14553255640100
1.66-1.6880.1663000.13953065606100
1.688-1.7190.1872810.13553755656100
1.719-1.7520.1752600.13353485608100
1.752-1.7880.1612650.12953825647100
1.788-1.8270.1492920.13153485640100
1.827-1.8690.1622840.1353425626100
1.869-1.9160.1422910.13153285619100
1.916-1.9670.1532860.12753815667100
1.967-2.0250.1463130.12253565669100
2.025-2.0910.1462830.12553515634100
2.091-2.1650.152720.12454145686100
2.165-2.2520.1542950.12653635658100
2.252-2.3540.142830.12654065689100
2.354-2.4780.1423030.12654235726100
2.478-2.6330.1452600.13154615721100
2.633-2.8360.1672770.13654485725100
2.836-3.120.162590.13555295788100
3.12-3.5690.1492900.12254975787100
3.569-4.4880.1313170.11255395856100
4.488-19.4440.1553140.1315751606599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.06490.0082-0.05480.0608-0.09850.2774-0.00220.01310.00630.0152-0.0283-0.0341-0.08720.05650.02510.0568-0.0149-0.00810.04920.01620.059755.79891.496315.4546
20-0-0000-0.1018-0.2497-0.06880.08330.0607-0.0070.01680.06720.05160.0902-0.0102-0.00960.0760.00450.085751.2262-8.96121.661
3000000-0.0022-0.08230.05730.0661-0.06930.088-0.1159-0.14930.07650.1222-0.0103-0.01440.09720.01480.108743.6221.961520.1038
40.18240.0090.03270.1872-0.03810.2153-0.0041-0.00050.0032-0.01880.0090.00620.0269-0.0044-0.0050.021-0.0011-0.00260.01260.00010.020143.3911-21.481828.4334
50.06060.0409-0.01050.0439-0.04050.07120.00230.0079-0.0024-0.01340.00070.07360.0072-0.00080.00180.08610.0002-0.00460.0718-0.00630.103950.7165-22.413524.4161
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:174)A1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 908)A908
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 909)A909
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 175:907)A175 - 907
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 931)A931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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