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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3l4l | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of an Anopheles gambiae Odorant-binding Protein AgamOBP22a with Bound Odorant Benzaldehyde | |||||||||
要素 | Odorant binding protein (AGAP010409-PA) | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / all alpha helix | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ren, H. / Zhang, S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structures of an Anopheles gambiae Odorant-binding Protein Agam22a and Complexes with Bound Odorants 著者: Ren, H. / Yang, G. / Winberg, G. / Turin, L. / Mershin, A. / Zhang, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3l4l.cif.gz | 42.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3l4l.ent.gz | 27 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3l4l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3l4aS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16043.329 Da / 分子数: 1 / 断片: AgamOBP22a, UNP residues 22-144 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 株: PEST / 遺伝子: AgamOBP22a, AGAP010409, OBP22, OBPjj83b / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-STAR-pLysS / 参照: UniProt: Q7PGA3 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HBX / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-NH4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ammonium citrate tribasic, MPD, 1% benzaldehyde, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 9293 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.627 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3L4A 解像度: 1.9→27.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.859 / SU ML: 1.62 / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.917 Å2 / ksol: 0.359 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.14 Å2 / Biso mean: 22.81 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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