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- PDB-3l34: The crystal structure of a two-component sensor domain (2nd form)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l34
タイトルThe crystal structure of a two-component sensor domain (2nd form) from Pseudomonas aeruginosa PA01
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / two-component sensor / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ATP-binding / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphatase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Histidine kinase (KinB), sensor domain / Alginate biosynthesis sensor protein KinB, sensor domain / KinB, N-terminal domain superfamily / Sensor domain of alginate biosynthesis sensor protein KinB / : / PAS fold-4 / PAS fold / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. ...Histidine kinase (KinB), sensor domain / Alginate biosynthesis sensor protein KinB, sensor domain / KinB, N-terminal domain superfamily / Sensor domain of alginate biosynthesis sensor protein KinB / : / PAS fold-4 / PAS fold / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a two-component sensor domain from Pseudomonas aeruginosa PA01
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
C: Sensor protein
D: Sensor protein
E: Sensor protein
F: Sensor protein
G: Sensor protein
H: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4628
ポリマ－116,4628
非ポリマー00
水10,863603
1
A: Sensor protein
B: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1152
ポリマ－29,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
2
C: Sensor protein
D: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1152
ポリマ－29,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
3
E: Sensor protein
F: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1152
ポリマ－29,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
4
G: Sensor protein
H: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1152
ポリマ－29,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.506, 103.081, 69.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Experimentally unknown. The chains A and B, C and D, E and F, G and H are expected to form dimers, respectively.

-
要素

#1: タンパク質
Sensor protein


分子量: 14557.721 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA5484, Pseudomonas aeruginosa / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q9HT87, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Ammonium acetate 0.1M Sodium acettae 30% PEG4000, 15% glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月16日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42 Å / Num. all: 93984 / Num. obs: 93984 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.735 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4477 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREPCCP4位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KKB

3kkb


解像度: 1.7→41.392 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2251 4441 5.04 %random
Rwork0.1821 ---
all0.1843 88133 --
obs0.1843 88133 92.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.659 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.392 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7629 0 0 603 8232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067725
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90410464
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9512952
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581177
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6997-1.76040.33330.24716488X-RAY DIFFRACTION72
1.7604-1.83090.28073560.22967565X-RAY DIFFRACTION84
1.8309-1.91430.25034580.2027919X-RAY DIFFRACTION88
1.9143-2.01520.26054350.19318316X-RAY DIFFRACTION92
2.0152-2.14140.23184520.17958666X-RAY DIFFRACTION96
2.1414-2.30680.21174970.16648813X-RAY DIFFRACTION98
2.3068-2.53890.2374330.18578885X-RAY DIFFRACTION99
2.5389-2.90620.23675370.18298919X-RAY DIFFRACTION99
2.9062-3.66110.20834620.17489033X-RAY DIFFRACTION100
3.6611-41.40380.20374780.1719088X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.3747-0.0485-0.42631.18090.33012.4952-0.01040.1728-0.03160.0283-0.0540.0927-0.028-0.18680.05820.1379-0.0028-0.01620.1371-0.01460.1636-20.2389-2.644447.0678
20.8161-0.31530.04730.5955-0.2181.98620.0637-0.02540.14940.0199-0.01370.0618-0.11070.0648-0.03640.0775-0.02670.00040.0112-0.00320.0937
30.28720.20530.31320.8480.19882.11370.0291-0.0357-0.03440.0311-0.0412-0.02430.1733-0.12630.01620.1597-0.01610.00180.1042-0.00980.1383
41.38850.21851.2320.91070.04492.3276-0.1470.35730.1897-0.03-0.0232-0.0921-0.05410.19460.15650.0804-0.0218-0.00370.11120.03520.1056
50.76740.32490.45020.8945-0.0743.04210.03050.05-0.2512-0.02910.0312-0.02670.10360.1566-0.05730.14260.01350.00780.1302-0.01980.1601
60.72790.0330.52451.36590.3563.28250.0067-0.0909-0.0051-0.03590.00390.0428-0.0344-0.2238-0.00970.12590.0210.01130.11650.0010.1321
71.6426-0.4888-0.62990.59790.1452.43750.0323-0.08990.2446-0.02780.0361-0.0825-0.1760.0144-0.05540.1571-0.00870.00360.0794-0.01650.1518
82.6370.326-1.89020.8713-0.02022.7538-0.1826-0.8664-0.2577-0.0162-0.0549-0.12460.10640.53820.1980.13120.04940.00680.34350.07970.1727
精密化 TLSグループSelection details: chain H

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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