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- PDB-3l2x: Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l2x
タイトルCrystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / NITROXIDE SPIN LABEL / EPR / MODIFIED CYSTEINE / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / Chem-RXR / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Hubbell, W.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX
著者: Fleissner, M.R. / Cascio, D. / Kalai, T. / Hideg, K. / Hubbell, W.L.
履歴
登録2009年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1547
ポリマ－18,5761
非ポリマー5786
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.113, 60.113, 96.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin


分子量: 18576.350 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, T115C, R119C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: E, Lysozyme / プラスミド: pHSe5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00720, lysozyme

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非ポリマー , 6種, 164分子

#2: 化合物 ChemComp-RXR / [2,2,5,5-tetramethyl-3,4-bis(sulfanylmethyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]oxidanyl radical / 3,4-bis(thiomethyl)-2,2,5,5-tetramethyl-1H-Pyrrol-1-yloxyl radical


分子量: 232.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18NOS2
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細EXTENSIVE EPR EXPERIMENTS OF THE DISULFIDE LINKED RXR LIGAND ATTACHED TO T4 LYSOZYME AT DIFFERENT ...EXTENSIVE EPR EXPERIMENTS OF THE DISULFIDE LINKED RXR LIGAND ATTACHED TO T4 LYSOZYME AT DIFFERENT SITES WERE PERFORMED. THE RXR LIGAND IS A STABLE NITROXYL RADICAL IN SOLUTION, WHICH CAN BE DETECTED BY EPR SPECTROSCOPY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 2.0M dibasic potassium phosphate and monobasic sodium phosphate, 0.25M sodium chloride, 0.04% sodium azide, saturated with bis(2-hydroxyethyl) disulfide, pH 6.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年11月3日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRRORS (BLUE OPTICS) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80 Å / Num. obs: 18829 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 0.072 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.8-1.865.515290.4420.65880.9
1.86-1.947.118130.3370.72595.6
1.94-2.039.818910.2520.81499.4
2.03-2.139.918710.1860.95399.4
2.13-2.279.919180.1391.0399.5
2.27-2.4410.119050.1111.10799.4
2.44-2.6910.119170.091.11899.9
2.69-3.0810.119460.071.20299.9
3.08-3.8810.119560.0541.31399.7
3.88-809.720830.040.96399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1C6T

1c6t


解像度: 1.8→35.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.868 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE RXR LIGAND IS DISUFLDE BONDED TO CYS 115 AND CYS 119, AND WAS MODELED IN AT AN OCCUPANCY OF 0.7
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 957 5.09 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 18802 97.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.001 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.33 Å2 / Biso mean: 21.209 Å2 / Biso min: 8.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-0 Å2
2--0.34 Å2-0 Å2
3----0.681 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1303 0 31 158 1492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1161845
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.249523
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8950.2731210.2082170229184
1.895-2.0140.2431350.1772536267199
2.014-2.170.221450.16425482693100
2.17-2.3880.2341380.16225862724100
2.388-2.7330.2211400.18526172757100
2.733-3.4430.231410.18826172758100
3.443-35.4250.2131370.17427712908100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.2491 Å / Origin y: -11.2388 Å / Origin z: 9.4138 Å
111213212223313233
T0.0846 Å2-0.0058 Å20.0027 Å2-0.0709 Å20.0014 Å2--0.0823 Å2
L0.113 °20.0672 °20.0811 °2-0.0868 °2-0.0103 °2--0.1271 °2
S-0.002 Å °0.0108 Å °-0.0034 Å °0.0046 Å °0.0094 Å °-0.0392 Å °0.0272 Å °0.0189 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 170
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 328

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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