PDB-3l2l: X-ray Crystallographic Analysis of Pig Pancreatic Alpha-Amylase w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l2l

タイトル

X-ray Crystallographic Analysis of Pig Pancreatic Alpha-Amylase with Limit Dextrin and Oligosaccharide

要素

Pancreatic alpha-amylase

キーワード

HYDROLASE / catalytic domain / carbohydrate binding module / Oligosaccharide / limit dextrin / glucose / Carbohydrate metabolism / Glycoprotein / Glycosidase / Metal-binding / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / chloride ion binding / carbohydrate metabolic process / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Sus scrofa (ブタ)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: X-ray crystallographic analyses of pig pancreatic alpha-amylase with limit dextrin, oligosaccharide, and alpha-cyclodextrin.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A.

履歴

登録	2009年12月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l2l.cif.gz	225.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l2l.ent.gz	186 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l2l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3l2l_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l2l_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3l2l_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	3l2l_validation.cif.gz	46.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3l2mC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jxk-d 1bsi-d 3bak-d 5c16-2 1c8q-d 1u2y-d 1q4n-d 1xgz-d 1jfh-d 1ose-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (10) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (9) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Pancreatic alpha-amylase

ヘテロ分子

57.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.590, 114.820, 118.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Pancreatic alpha-amylase / PA / 1 / 4-alpha-D-glucan glucanohydrolase 分子量: 55439.781 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 16-511 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: pancreas / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00690, alpha-amylase

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-glucopyranose-(1-6)]alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 990.860 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4[DGlcpa1-6]DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,6,5/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_c6-f1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}[(6+1)][a-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

-
非ポリマー , 3種, 586分子

#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THE RESIDUE AT POSITION 426 IS A VARIANT AS LISTED IN UNP ENTRY P00690. PCA IS A POST-TRANSLATIONAL ...THE RESIDUE AT POSITION 426 IS A VARIANT AS LISTED IN UNP ENTRY P00690. PCA IS A POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 9

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.75 詳細: 0.010 M cacodylate, 0.002 M calcium chloride, pH 6.75, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年9月2日
放射	モノクロメーター: Supper Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→14.01 Å / Num. all: 47149 / Num. obs: 47147 / % possible obs: 82.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.25 Å² / Limit h max: 33 / Limit h min: 0 / Limit k max: 54 / Limit k min: 0 / Limit l max: 56 / Limit l min: 0 / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 10.93
反射シェル	解像度: 2.11→2.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.91 / Num. unique all: 2315 / % possible all: 28.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SDMS	Detector System	データ収集
REFMAC	5.5.0089	精密化
SDMS	Detector System	データ削減
SDMS	Detector System	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.11→14.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / Num. parameters: 20378 / Num. restraintsaints: 33319 / WR_factor R_free: 0.135 / WR_factor R_work: 0.0982 / Occupancy max: 1 / SU B: 6.718 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.1264 / SU R_free: 0.1253 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1572	4749	10.1 %	RANDOM
R_work	0.11502	-	-	-
all	0.11929	47147	-	-
obs	0.11929	47147	84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→14.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3909	0	126	584	4619

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	4593
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.948	6337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.813	3	9517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.044	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.877	24.113	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.545	15	708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.778	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.322	4	2699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.595	4	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.372	8	4405
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.199	8	1894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.443	10	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	1.678	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.3	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.3	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.191	0.5	2259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.5	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.21	0.5	693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.189	0.5	523
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.143	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.176	0.3	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.159	0.5	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.889	8	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.481	8	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.658	10	5785

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.11-2.163	0.314	55	0.223	438	438	12.22
2.163-2.221	0.22	194	0.195		1606	45.93
2.221-2.283	0.239	311	0.187		2362	69.81
2.283-2.352	0.213	282	0.167		2606	77.76
2.352-2.426	0.22	312	0.158		2970	90.66
2.426-2.509	0.227	326	0.146		2871	91.92
2.509-2.6	0.173	323	0.133		2808	92.28
2.6-2.703	0.199	297	0.134		2764	93.72
2.703-2.818	0.178	282	0.132		2665	94
2.818-2.95	0.17	310	0.119		2692	99.77
2.95-3.102	0.169	292	0.118		2572	99.9
3.102-3.28	0.163	245	0.112		2493	99.93
3.28-3.493	0.15	282	0.1		2289	99.92
3.493-3.753	0.117	225	0.085		2216	100
3.753-4.082	0.102	243	0.076		2009	100
4.082-4.516	0.099	211	0.07		1840	99.95
4.516-5.127	0.101	189	0.079		1680	100
5.127-6.079	0.132	149	0.097		1463	99.57
6.079-7.887	0.148	139	0.112		1183	98
7.887-14.012	0.172	82	0.141		871	98.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6708	0.1325	0.0256	1.2826	0.1581	0.7013	0.0097	0.0089	-0.0117	0.0008	-0.0106	-0.0505	-0.0037	0.0104	0.001	0.0003	0.001	-0.0001	0.0067	0.001	0.0022	38.869	33.402	44.641
2	3.6942	0.9278	-0.3768	1.2806	0.0953	1.1122	0.085	-0.2797	0.1308	0.1699	-0.0458	0.0398	-0.0847	-0.016	-0.0393	0.0721	0.0042	-0.0049	0.0473	-0.0121	0.018	35.047	49.849	62.053
3	1.6513	0.0461	-0.3235	1.8641	0.0102	2.3054	-0.0207	0.0523	-0.0932	-0.079	-0.0054	-0.0292	0.1056	0.0275	0.0261	0.0107	0.0052	-0.0017	0.011	-0.0126	0.017	32.438	9.021	28.898
4	10.8944	7.8608	1.5422	65.6258	0.0041	0.3561	-0.1424	0.3525	0.3914	0.5451	-0.1157	-0.086	-0.0493	0.1746	0.2581	0.0617	-0.0489	0.0092	0.1799	0.1047	0.1959	47.465	29.886	71.093
5	5.502	-9.8564	0.9077	17.6753	-1.614	0.1577	0.1037	-0.0516	-0.6245	-0.1657	0.0451	1.05	0.0345	-0.0369	-0.1488	0.2418	-0.1134	-0.056	0.4034	0.0562	0.3828	50.626	33.747	72.23
6	16.6733	-2.3677	4.2221	0.3362	-0.5996	1.0692	-0.0374	-0.0981	0.0884	0.0052	0.0142	-0.0124	-0.0082	-0.0251	0.0233	0.1311	-0.0085	0.0268	0.0503	0.0051	0.0573	51.368	38.988	73.175
7	17.5005	15.1231	20.5723	13.0692	17.7778	24.1837	-0.0785	-0.7603	0.6253	-0.0729	-0.6672	0.5459	-0.0903	-0.8912	0.7456	0.1971	0.155	0.0143	0.3942	0.0404	0.2879	48.003	42.881	72.933
8	0.0004	0.0002	0.0007	0.0002	0.0006	0.002	-0.0006	-0.0101	0.0124	0.0079	-0.0048	0.0023	0.0134	-0.0397	0.0054	0.6617	0.1492	-0.2509	1.9174	0.3966	0.7859	32.731	42.241	70
9	0.0281	0.084	-0.823	0.3178	-3.5372	41.5545	-0.0196	0.0302	-0.0098	0.0147	0.0503	-0.0093	-0.6131	-0.2245	-0.0308	0.1249	-0.04	0.0236	0.0828	-0.0317	0.1353	36.253	38.942	68.676
10	31.4752	-3.241	8.8442	0.3339	-0.9226	3.2985	0.0066	-0.3667	0.1215	-0.0021	0.035	-0.0104	0.1828	0.0514	-0.0416	0.1181	-0.0034	0.0316	0.0743	-0.0104	0.0749	38.969	37.581	64.754
11	41.7595	1.5043	-1.6265	0.0542	-0.0586	0.0634	-0.0114	0.3045	0.0249	-0.0003	0.0122	0.0012	0.0019	-0.0115	-0.0008	0.1003	-0.009	-0.0105	0.06	-0.0007	0.0596	38.389	36.836	59.811
12	10.4216	0	9.5727	3.2509	0	28.1879	-0.0583	-0.1827	0.0197	0.0338	0.1012	-0.0124	0.1036	0.2982	-0.043	0.1025	-0.0367	-0.131	0.0886	0.0386	0.2057	34.748	37.551	56.169
13	41.3493	12.8821	-8.6785	4.0134	-2.7038	1.8216	0.0232	0.1274	0.3002	0.0079	0.0399	0.0934	-0.0045	-0.0293	-0.0632	0.2107	0.0463	-0.0411	0.1197	-0.022	0.0388	41.811	41.226	67.459
14	1.7935	-5.3308	0.5762	17.7789	-2.2787	0.3508	-0.1861	0.0952	0.1081	-0.0033	0.2427	-0.0064	0.1034	-0.1238	-0.0566	0.2093	-0.1547	-0.0747	0.1929	0.0545	0.124	21.631	53.152	52.444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	169 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	100 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	404 - 496
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	601
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	602
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	603
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	604
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	701
10	X-RAY DIFFRACTION	9	A	702
11	X-RAY DIFFRACTION	10	A	703
12	X-RAY DIFFRACTION	11	A	704
13	X-RAY DIFFRACTION	12	A	705
14	X-RAY DIFFRACTION	13	A	706
15	X-RAY DIFFRACTION	14	A	801

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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