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- PDB-3l1s: 3-Aryl-4-(arylhydrazono)-1H-pyrazol-5-ones: Highly ligand efficie... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l1s
タイトル3-Aryl-4-(arylhydrazono)-1H-pyrazol-5-ones: Highly ligand efficient and potent inhibitors of GSK3
要素Glycogen synthase kinase-3 beta
キーワードTRANSFERASE / kinase / pyrazole / GSK3 / ATP-binding / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Wnt signaling pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation ...neuron projection organization / regulation of microtubule anchoring at centrosome / negative regulation of type B pancreatic cell development / negative regulation of glycogen (starch) synthase activity / negative regulation of mesenchymal stem cell differentiation / superior temporal gyrus development / positive regulation of protein localization to cilium / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of TORC2 signaling / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / maintenance of cell polarity / positive regulation of protein localization to centrosome / positive regulation of cilium assembly / beta-catenin destruction complex / CRMPs in Sema3A signaling / heart valve development / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / tau-protein kinase / regulation of microtubule-based process / regulation of protein export from nucleus / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Maturation of nucleoprotein / cellular response to interleukin-3 / Wnt signalosome / regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of TOR signaling / negative regulation of protein localization to nucleus / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / AKT phosphorylates targets in the cytosol / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of axon extension / Maturation of nucleoprotein / tau-protein kinase activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell-matrix adhesion / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / glycogen metabolic process / ER overload response / regulation of neuron projection development / establishment of cell polarity / protein kinase A catalytic subunit binding / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / dynactin binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / negative regulation of osteoblast differentiation / epithelial to mesenchymal transition / NF-kappaB binding / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of cellular response to heat / extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of autophagy / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization / response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of cell migration / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of protein ubiquitination / excitatory postsynaptic potential / hippocampus development / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / mitochondrion organization / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / tau protein binding / Wnt signaling pathway / circadian rhythm / positive regulation of protein binding / positive regulation of protein catabolic process / neuron projection development / cellular response to amyloid-beta / Regulation of RUNX2 expression and activity / p53 binding / kinase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-Z92 / Glycogen synthase kinase-3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Haar, T.E.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: 3-Aryl-4-(arylhydrazono)-1H-pyrazol-5-ones: Highly ligand efficient and potent inhibitors of GSK3beta.
著者: Arnost, M. / Pierce, A. / Haar, E.T. / Lauffer, D. / Madden, J. / Tanner, K. / Green, J.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0415
ポリマ－92,2292
非ポリマー8133
水7,332407
1
A: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4732
ポリマ－46,1141
非ポリマー3591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycogen synthase kinase-3 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5683
ポリマ－46,1141
非ポリマー4542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.600, 84.800, 178.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase-3 beta / GSK-3 beta


分子量: 46114.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSK3B / プラスミド: pBEV / 細胞株 (発現宿主): Insect cell / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High-5 Cells / 参照: UniProt: P49841, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-Z92 / (4E)-4-[(4-chlorophenyl)hydrazono]-5-(3,4-dimethoxyphenyl)-2,4-dihydro-3H-pyrazol-3-one / (4Z)-4-[(4-chlorophenyl)hydrazono]-5-(3,4-dimethoxyphenyl)-2H-pyrazol-3-one


分子量: 358.779 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15ClN4O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2M KF, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月13日
放射モノクロメーター: osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 28035 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.086 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2760 / Χ2: 0.976 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.9.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: previous gsk3b structure

解像度: 2.9→39.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1335 5.02 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all0.186 27903 --
obs0.186 27903 --
原子変位パラメータBiso max: 168.37 Å2 / Biso mean: 38.217 Å2 / Biso min: 7.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.105 Å20 Å20 Å2
2---6.326 Å20 Å2
3---11.431 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.342 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5155 0 55 407 5617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.12
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d2.98
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_o18.53
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.02 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 143 5.07 %
Rwork0.245 2676 -
all0.249 2819 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4358-0.11360.07441.3789-0.00962.0917-0.06690.09590.0485-0.08110.06-0.05370.2016-0.06780.007-0.0536-0.06920.014-0.0931-0.0338-0.138727.544236.984149.7079
21.4648-0.1207-0.20371.06520.49951.90630.0523-0.03410.06690.021-0.0325-0.05580.1973-0.059-0.0198-0.1618-0.03970.0233-0.0015-0.0172-0.115321.60349.3685.7822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|31 A|35 - A|118 A|126 - A|285 A|299 - A|384 }25 - 31
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|31 A|35 - A|118 A|126 - A|285 A|299 - A|384 }35 - 118
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|31 A|35 - A|118 A|126 - A|285 A|299 - A|384 }126 - 285
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|25 - A|31 A|35 - A|118 A|126 - A|285 A|299 - A|384 }299 - 384
5X-RAY DIFFRACTION2{ B|36 - B|119 B|122 - B|285 B|301 - B|382 }36 - 119
6X-RAY DIFFRACTION2{ B|36 - B|119 B|122 - B|285 B|301 - B|382 }122 - 285
7X-RAY DIFFRACTION2{ B|36 - B|119 B|122 - B|285 B|301 - B|382 }301 - 382

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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