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万見
- PDB-3l1e: Bovine AlphaA crystallin Zinc Bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l1e
タイトルBovine AlphaA crystallin Zinc Bound
要素Alpha-crystallin A chain
キーワードCHAPERONE / lens transparency / polydispersity / protein aggregation / crystallin / Eye lens protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / unfolded protein binding / response to heat / negative regulation of apoptotic process / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-crystallin, N-terminal / Alpha crystallin A chain, N terminal / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Immunoglobulin-like - #790 / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-crystallin A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Laganowsky, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of truncated alphaA and alphaB crystallins reveal structural mechanisms of polydispersity important for eye lens function.
著者: Laganowsky, A. / Benesch, J.L. / Landau, M. / Ding, L. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Huang, Q. / Robinson, C.V. / Horwitz, J. / Eisenberg, D.
履歴
登録2009年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-crystallin A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0743
ポリマ－11,9161
非ポリマー1582
水1,69394
1
A: Alpha-crystallin A chain
ヘテロ分子

A: Alpha-crystallin A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1476
ポリマ－23,8322
非ポリマー3154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.215, 56.215, 68.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Alpha-crystallin A chain / Alpha-crystallin A chain / short form


分子量: 11916.200 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 59-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CRYA1, CRYAA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02470
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 5% TACSIMATE pH 7.0, 10% PEG 5000 MME, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.6 % / Av σ(I) over netI: 23.16 / 数: 135178 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.03 / D res high: 1.5 Å / D res low: 80 Å / Num. obs: 17697 / % possible obs: 96.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.238090.310.0240.9016.1
2.563.239910.030.9636.6
2.242.5699.910.0381.0227.4
2.042.2499.910.0451.0897.8
1.892.0410010.0551.0178.3
1.781.8910010.0911.0789
1.691.7810010.1281.0389.7
1.621.6999.710.181.0279.5
1.551.6294.810.2391.0766.7
1.51.5586.110.3051.0575
反射解像度: 1.1→80 Å / Num. obs: 41444 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.1-1.145.80.4934461.04177.3
1.14-1.186.40.4241121.09492.1
1.18-1.246.50.31641201.06292.9
1.24-1.36.50.22542051.09593.3
1.3-1.396.40.17842051.06194.1
1.39-1.496.40.12142721.08894.9
1.49-1.646.20.07843401.02295.8
1.64-1.885.70.0543861.01896.4
1.88-2.374.90.0344650.98596.9
2.37-804.30.02338930.91380.2

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位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.15→21.748 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.42 / FOM work R set: 0.928 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.193 1946 5.39 %
Rwork0.164 --
obs0.166 36118 90.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.401 Å2 / ksol: 0.466 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 38.12 Å2 / Biso mean: 13.544 Å2 / Biso min: 5.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.131 Å2-0 Å20 Å2
2---0.131 Å20 Å2
3---0.262 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→21.748 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数835 0 7 94 936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2271266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093135
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.367369
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.15-1.1790.1621250.1532258238386
1.179-1.2110.1491300.142300243087
1.211-1.2460.1571340.1272369250389
1.246-1.2860.1431350.122357249290
1.286-1.3320.1461390.1192423256292
1.332-1.3860.1281380.1132438257692
1.386-1.4490.1671390.1152460259992
1.449-1.5250.1421440.1172511265594
1.525-1.6210.1351440.1252527267195
1.621-1.7460.1591480.1382565271396
1.746-1.9210.1871470.1522594274196
1.921-2.1990.1781520.1552635278797
2.199-2.770.2011520.1842659281196
2.77-21.7510.3081190.2322076219571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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