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万見
- PDB-3l0p: Crystal structures of Iron containing Adenylate kinase from Desul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l0p
タイトルCrystal structures of Iron containing Adenylate kinase from Desulfovibrio gigas
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Adenylate kinase / Gram-negative bacteria (グラム陰性菌) / Iron (鉄) / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / ATP binding ...CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio gigas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mukhopadhyay, A. / Trincao, J. / Romao, M.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the zinc-, cobalt-, and iron-containing adenylate kinase from Desulfovibrio gigas: a novel metal-containing adenylate kinase from Gram-negative bacteria
著者: Mukhopadhyay, A. / Kladova, A.V. / Bursakov, S.A. / Gavel, O.Y. / Calvete, J.J. / Shnyrov, V.L. / Moura, I. / Moura, J.J.G. / Romao, M.J. / Trincao, J.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6933
ポリマ－24,5451
非ポリマー1482
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.800, 119.160, 146.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase /


分子量: 24544.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio gigas (バクテリア)
プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7U112, adenylate kinase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M tartrate Na/K, 0.1M MES (pH 6.5), 20% PEG 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.7266 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→92.495 Å / Num. all: 6444 / Num. obs: 6444 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.078 / Net I/av σ(I): 7.53 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 25156
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3-3.1740.3180.2462.436379180.160.320.2465.192
3.17-3.363.90.1830.144.735008950.090.180.14892.8
3.36-3.593.90.1430.1155.633308470.070.140.11510.992.6
3.59-3.8840.1010.087.830837730.050.10.0814.990.9
3.88-4.253.90.080.0669.528167260.040.080.06617.793.6
4.25-4.753.90.0790.0659.425676580.040.080.0652092.1
4.75-5.483.90.0770.0629.722185690.040.080.06220.190.3
5.48-6.723.70.0740.05611.518084830.040.070.05620.989.6
6.72-9.53.80.0650.0499.913573610.030.060.04927.284.6
9.5-59.583.90.0570.04311.78402140.030.060.04332.185.3

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位相決定

Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 6444
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.04-10039.10.609502
5.59-7.04400.821501
4.88-5.5931.90.851501
4.43-4.8828.60.88508
4.11-4.4329.30.865505
3.87-4.1131.30.867501
3.68-3.8731.30.877505
3.52-3.6830.50.86506
3.38-3.5233.90.835506
3.26-3.3832.20.846505
3.16-3.2634.40.824504
3-3.1644.90.757900

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→46.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / WRfactor Rfree: 0.238 / WRfactor Rwork: 0.183 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.872 / SU B: 33.387 / SU ML: 0.277 / SU R Cruickshank DPI: 0.309 / SU Rfree: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.417
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 297 4.6 %RANDOM
Rwork0.186 6147 --
obs0.189 6444 90.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 50.13 Å2 / Biso mean: 40.265 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4 Å20 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---1.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1668 0 7 8 1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.9652309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0115222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50924.61578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.45315282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3881511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5841.51095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16921735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0613614
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.554.5573
LS精密化 シェル解像度: 3.004→3.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 22 -
Rwork0.286 438 -
all-460 -
obs--92.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
111.67843.59146.041.35082.96268.6024-0.08310.34420.1283-0.05860.1783-0.0198-0.09230.1062-0.09520.1535-0.01060.03450.2384-0.03510.101816.980121.079820.527
210.3543-1.09923.29190.37950.81526.25230.09910.0234-0.3428-0.03840.04140.0431-0.00960.2271-0.14050.2682-0.036-0.00240.1641-0.01340.140924.050620.605516.1836
33.82934.23431.512413.52860.45284.2250.08970.0623-0.18180.1255-0.0355-0.396-0.08030.0904-0.05410.04440.0339-0.01830.0656-0.04330.068330.77473.740330.0813
43.3325-1.5735-0.94322.3498-1.35715.4227-0.01310.2442-0.1543-0.0571-0.0996-0.3747-0.1220.40720.11270.13860.00660.02410.1307-0.0840.197125.478617.546627.525
516.048110.36338.83924.07588.76385.5148-0.0919-0.62340.42011.2437-0.18650.57060.1647-0.26560.27840.1210.01360.00150.1672-0.09260.083721.782619.541336.0872
66.36566.47634.49349.36194.82885.46150.0993-0.37990.1627-0.43980.0374-0.0552-0.2395-0.5892-0.13670.1506-0.03580.05820.17610.01650.094210.865919.806118.3199
73.28873.8035-4.11168.0045-0.945913.964-0.13440.57730.45990.0410.56480.15250.8589-1.2793-0.43040.3009-0.109-0.0180.27360.06480.171711.525812.9554-2.6323
80.68430.1446-0.32462.0662-3.985310.8786-0.26950.36290.0145-0.31220.0424-0.01891.6435-0.32170.22710.5093-0.16710.05160.2392-0.01170.013910.88787.21863.3829
90.6418-0.9931-0.28296.90131.0340.19530.05880.01680.40650.00250.03980.1967-0.0048-0.0238-0.09860.16880.01020.02690.20320.01230.39179.591320.983226.6215
100.0360.13150.79030.78424.343324.5577-0.17020.0124-0.0289-0.35520.16530.1049-2.24960.60990.0051.0176-0.0991-0.03270.65760.28250.990713.384631.081112.0447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3A37 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4A64 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5A91 - 103
6X-RAY DIFFRACTION6A104 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7A124 - 147
8X-RAY DIFFRACTION8A148 - 175
9X-RAY DIFFRACTION9A176 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10A210 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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