PDB-3kzw: Crystal structure of cytosol aminopeptidase from Staphylococcus a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kzw

タイトル

Crystal structure of cytosol aminopeptidase from Staphylococcus aureus COL

要素

Cytosol aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / Cytosol aminopeptidase / Aminopeptidase / Manganese / Metal-binding / Protease / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

leucyl aminopeptidase / metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Hattne, J. / Dubrovska, I. / Halavaty, A. / Minasov, G. / Scott, P. / Shuvalova, L. / Winsor, J. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kzw.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kzw.ent.gz	868.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kzw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kzw_validation.pdf.gz	554.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kzw_full_validation.pdf.gz	574.3 KB	表示
XML形式データ	3kzw_validation.xml.gz	177.4 KB	表示
CIF形式データ	3kzw_validation.cif.gz	247.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/3kzw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gytS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gyt-2 1gyt-1 3h8e-1 3h8g-d 6wvv-1 3h8f-d 4zy0-2 6eee-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP00662

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cytosol aminopeptidase

B: Cytosol aminopeptidase

C: Cytosol aminopeptidase

D: Cytosol aminopeptidase

E: Cytosol aminopeptidase

F: Cytosol aminopeptidase

G: Cytosol aminopeptidase

H: Cytosol aminopeptidase

I: Cytosol aminopeptidase

J: Cytosol aminopeptidase

K: Cytosol aminopeptidase

L: Cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

686 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Cytosol aminopeptidase

B: Cytosol aminopeptidase

C: Cytosol aminopeptidase

D: Cytosol aminopeptidase

E: Cytosol aminopeptidase

F: Cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 6 ポリマー
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2

G: Cytosol aminopeptidase

H: Cytosol aminopeptidase

I: Cytosol aminopeptidase

J: Cytosol aminopeptidase

K: Cytosol aminopeptidase

L: Cytosol aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
343 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	143.383, 154.733, 340.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

#1: タンパク質	Cytosol aminopeptidase 分子量: 56930.312 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: SACOL0945 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: Q5HHE3, UniProt: A0A0H2WYH0*PLUS, leucyl aminopeptidase
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 70% MPD, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.5M sodium chloride, 0.01M Tris-HCl, pH 8.3, JCSG+, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→44.62 Å / Num. all: 207017 / Num. obs: 204154 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.139 / R_sym value: 0.139 / Net I/σ(I): 9.19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1gyt

1gyt

解像度: 2.7→44.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 28.362 / SU ML: 0.262 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The upper resolution limit was determined by an informativity criterium. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2402	8205	5 %	RANDOM
R_work	0.22139	-	-	-
all	0.22234	207017	-	-
obs	0.22234	155647	79.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 4.572 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	45906	0	106	698	46710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	46786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.841	1.952	63376
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.668	5	5915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.524	25.64	2064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.258	15	8195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.611	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	7319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.021	34856
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.138	1.5	29419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.25	2	47596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.18	3	17367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.31	4.5	15780

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1832	tight positional	0.01	0.05
B	1832	tight positional	0.01	0.05
C	1832	tight positional	0.01	0.05
D	1832	tight positional	0.01	0.05
E	1832	tight positional	0.01	0.05
F	1832	tight positional	0.01	0.05
G	1832	tight positional	0.01	0.05
H	1832	tight positional	0.01	0.05
I	1832	tight positional	0.01	0.05
J	1832	tight positional	0.01	0.05
K	1832	tight positional	0.01	0.05
L	1832	tight positional	0.01	0.05
A	1701	loose positional	0.02	5
B	1701	loose positional	0.01	5
C	1701	loose positional	0.02	5
D	1701	loose positional	0.07	5
E	1701	loose positional	0.02	5
F	1701	loose positional	0.02	5
G	1701	loose positional	0.07	5
H	1701	loose positional	0.03	5
I	1701	loose positional	0.01	5
J	1701	loose positional	0.08	5
K	1701	loose positional	0.01	5
L	1701	loose positional	0.01	5
A	1832	tight thermal	0.01	0.5
B	1832	tight thermal	0.01	0.5
C	1832	tight thermal	0.01	0.5
D	1832	tight thermal	0.01	0.5
E	1832	tight thermal	0.01	0.5
F	1832	tight thermal	0.01	0.5
G	1832	tight thermal	0.01	0.5
H	1832	tight thermal	0.01	0.5
I	1832	tight thermal	0.01	0.5
J	1832	tight thermal	0.01	0.5
K	1832	tight thermal	0.01	0.5
L	1832	tight thermal	0.01	0.5
A	1701	loose thermal	0.02	10
B	1701	loose thermal	0.01	10
C	1701	loose thermal	0.02	10
D	1701	loose thermal	0.02	10
E	1701	loose thermal	0.02	10
F	1701	loose thermal	0.01	10
G	1701	loose thermal	0.01	10
H	1701	loose thermal	0.01	10
I	1701	loose thermal	0.01	10
J	1701	loose thermal	0.01	10
K	1701	loose thermal	0.01	10
L	1701	loose thermal	0.01	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.771 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	177	-
R_work	0.271	3118	-
obs	-	3118	21.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5024	-3.2322	-1.7771	7.3462	0.8723	3.4287	0.0677	0.476	0.5548	-0.714	0.1098	-0.9624	-0.3191	0.7498	-0.1775	0.1657	-0.1583	0.0571	0.6833	0.1027	0.17	30.1488	20.9973	40.3281
2	2.2144	-1.3574	-1.4326	2.039	0.7838	2.2558	0.062	0.1783	0.2026	-0.2208	-0.1236	-0.0503	-0.1616	0.307	0.0616	0.2765	-0.1145	-0.0093	0.4066	0.0627	0.1993	20.9005	21.8319	47.2666
3	9.4209	-2.2652	-5.9889	3.9306	3.007	7.6809	0.3583	0.8864	0.3427	-0.1154	-0.2123	-0.2381	-0.9057	0.1333	-0.146	0.3944	-0.1952	-0.0718	0.2773	0.1456	0.3648	20.0509	32.8137	44.8177
4	3.2437	0.0552	-0.7402	0.8298	0.5776	2.9211	-0.0354	0.0504	0.3323	-0.0997	0.0164	0.0573	-0.3271	0.138	0.019	0.2538	0.0151	-0.0721	0.0878	0.0219	0.236	-8.046	37.0114	60.1491
5	1.3822	-0.0982	0.0502	0.9435	0.2263	1.0627	-0.0445	0.1145	0.0469	-0.0961	-0.0432	0.042	-0.1198	0.0359	0.0877	0.2239	0.0071	-0.0519	0.1824	0.0411	0.143	-13.8892	25.7134	53.9762
6	3.1222	-0.9061	1.5618	6.6489	2.457	6.8544	-0.1151	0.2047	0.1248	-0.0113	-0.2389	0.8553	-0.0799	-0.8666	0.354	0.0298	-0.027	0.0543	0.8976	-0.0661	0.2995	-71.0599	10.2582	61.3362
7	3.8138	2.1248	1.1107	3.2296	1.4844	1.6286	0.0168	0.0638	0.3196	0.1777	-0.2013	0.3862	0.0649	-0.6415	0.1845	0.1589	0.0519	0.0098	0.6173	-0.0496	0.3193	-60.6751	13.0371	66.0048
8	0.8704	-1.3004	1.7291	4.9219	-1.6256	3.7661	-0.149	-0.3427	0.1684	0.08	-0.3069	0.3858	-0.3406	-0.8923	0.4559	0.3018	0.1045	0.0222	0.8867	-0.2131	0.4663	-65.5627	22.9774	69.2763
9	3.1007	1.0211	0.723	0.4961	-0.3305	2.8691	-0.0388	-0.0307	0.3884	0.0532	-0.0137	0.219	-0.2498	-0.2604	0.0526	0.2559	0.1333	-0.004	0.2546	-0.076	0.2759	-38.9671	31.6942	86.3421
10	1.4284	0.3633	0.415	1.1136	0.1225	1.4066	0.0292	-0.0521	0.0749	0.0844	-0.0471	0.1694	0.022	-0.3342	0.0179	0.155	0.0486	0.0264	0.3514	-0.051	0.1991	-38.9408	19.4243	93.4581
11	3.2258	1.4609	-1.182	5.3063	-1.2737	5.8003	0.456	-0.7109	-0.1375	1.041	-0.4242	-0.2788	-0.3273	0.1349	-0.0318	0.3445	-0.2054	-0.0964	0.5118	0.0423	0.0842	-1.1943	7.992	138.2983
12	0.5495	-0.3288	0.6256	3.8011	-1.9245	3.9444	0.1724	-0.3656	0.0334	0.3574	-0.2465	-0.2529	-0.1304	-0.1062	0.074	0.3355	-0.1049	-0.053	0.3876	-0.0429	0.1907	-2.9992	11.4193	127.2305
13	0.4356	-0.6364	1.3428	4.5228	0.5263	11.1658	-0.2039	-0.0605	0.2699	0.2541	-0.4964	-0.4396	-0.2916	0.3183	0.7003	0.4759	-0.1457	-0.0742	0.4139	-0.0413	0.2857	-0.0545	21.931	130.7493
14	2.0123	-0.6804	0.1274	0.8756	-0.9955	3.8051	-0.0993	-0.1667	0.1224	0.2153	0.0332	-0.0104	-0.2082	-0.1374	0.0661	0.2431	-0.0119	-0.0378	0.0897	-0.0375	0.1924	-0.6468	33.494	100.0922
15	0.9386	-0.1564	0.1419	1.2934	-0.2484	2.0168	-0.0103	-0.0682	0.063	0.1059	-0.0464	-0.1919	0.0192	0.0054	0.0567	0.1673	-0.0178	-0.0526	0.1092	-0.0144	0.1817	8.0647	23.283	95.5871
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58	0.3307	1.2458	0.236	6.711	0.3693	0.3175	0.016	0.0715	0.1439	0.0544	-0.3375	-0.4211	-0.0667	0.3281	0.3215	0.4363	-0.1496	-0.039	1.2259	-0.1524	0.7616	65.3244	14.4845	-7.8986
59	3.4774	-1.2451	0.5119	0.9017	0.1702	2.1104	-0.027	-0.1468	0.5976	-0.054	0.0749	-0.2709	-0.4065	0.1275	-0.0479	0.4532	-0.0646	0.0302	0.3796	-0.1259	0.4314	38.8348	23.5667	-25.0436
60	2.0209	-0.4345	0.5187	1.2244	0.0489	1.9112	0.0484	-0.1351	0.2235	-0.0581	0.0149	-0.2113	-0.1569	0.1688	-0.0634	0.2565	-0.048	0.0576	0.303	-0.0338	0.2726	38.7634	11.3565	-32.239

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 48
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	49 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	144 - 169
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	170 - 285
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	286 - 491
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-2 - 48
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	49 - 144
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	145 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	170 - 285
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	286 - 491
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	-2 - 48
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	49 - 144
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	145 - 169
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	170 - 285
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	286 - 491
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-2 - 48
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	49 - 144
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	145 - 169
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	170 - 285
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	286 - 491
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	-2 - 48
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	49 - 144
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	145 - 169
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	170 - 285
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	286 - 491
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	-2 - 48
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	49 - 144
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	145 - 169
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	170 - 285
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	286 - 491
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	-2 - 48
32	X-RAY DIFFRACTION	32	G	49 - 144
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	145 - 169
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	170 - 285
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	286 - 491
36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	-2 - 48
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	49 - 144
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	145 - 169
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	170 - 285
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	286 - 491
41	X-RAY DIFFRACTION	41	I	-2 - 48
42	X-RAY DIFFRACTION	42	I	49 - 144
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	145 - 169
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	170 - 285
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	286 - 491
46	X-RAY DIFFRACTION	46	J	-2 - 48
47	X-RAY DIFFRACTION	47	J	49 - 144
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	145 - 169
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	170 - 285
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	286 - 491
51	X-RAY DIFFRACTION	51	K	-2 - 48
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53	X-RAY DIFFRACTION	53	K	145 - 169
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	L	-1 - 48
57	X-RAY DIFFRACTION	57	L	49 - 144
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	170 - 285
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	286 - 491

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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