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万見
- PDB-3kza: Crystal structure of Gyuba, a patched chimera of b-lactglobulin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kza
タイトルCrystal structure of Gyuba, a patched chimera of b-lactglobulin
要素Beta-lactoglobulin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / artificial protein / chimera protein / Disulfide bond / Milk protein / Retinol-binding / Secreted / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactoglobulin / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactoglobulin / Beta-lactoglobulin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Tsuge, H. / Ohtomo, H. / Utsunomiya, H. / Konuma, T. / Ikeguchi, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Structure and stability of Gyuba, a patched chimera of b-lactoglobulin
著者: Ohtomo, H. / Konuma, T. / Utsunoiya, H. / Tsuge, H. / Ikeguchi, M.
履歴
登録2009年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月9日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactoglobulin
B: Beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6222
ポリマ－36,6222
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3111
ポリマ－18,3111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Beta-lactoglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3111
ポリマ－18,3111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.925, 68.925, 151.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactoglobulin / Beta-LG-1 / Beta-lactoglobulin I / BLGI


分子量: 18310.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AN ARTIFICIAL CHIMERA PROTEIN OF BOS-TAURAS AND EQUINE B-LACTOGLOBULIN. THE RESIDUES 1-16, 28-41, 50, 51, 63-65, 74-49, 87, 88, 96-101, 109-116, 125-129, 139-144, 154-162 ARE FROM EQUINE, THE ...詳細: AN ARTIFICIAL CHIMERA PROTEIN OF BOS-TAURAS AND EQUINE B-LACTOGLOBULIN. THE RESIDUES 1-16, 28-41, 50, 51, 63-65, 74-49, 87, 88, 96-101, 109-116, 125-129, 139-144, 154-162 ARE FROM EQUINE, THE RESIDUES 17-27, 42-49, 52-62, 66-73, 80-86, 89-95, 102-108, 117-124, 130-138, 145-153 ARE FROM BOS-TAURAS.
由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ), (組換発現) Bos taurus (ウシ)
遺伝子: LGB1 / プラスミド: pET3c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02758, UniProt: P02754
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS IS AN ARTIFICIAL CHIMERA PROTEIN OF BOS-TAURAS AND EQUINE B-LACTOGLOBULIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→59.66 Å / Num. obs: 27566 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.6 % / Num. unique all: 2741 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→59.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 4.16 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28491 1383 5 %RANDOM
Rwork0.2346 ---
obs0.23718 26122 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.665 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20.56 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----1.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→59.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2336 0 0 240 2576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.992.0053222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7395294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74826.538104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.72215442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.135158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021752
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21593
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3080.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3971.51559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23722424
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6923947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4884.5798
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 99 -
Rwork0.244 1915 -
obs--98.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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