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- PDB-3kyr: Bace-1 in complex with a norstatine type inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kyr
タイトルBace-1 in complex with a norstatine type inhibitor
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Bace / Beta-secretase / Memapsin-2 / aspartyl protease / inhibitor / norstatine / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / multivesicular body / response to lead ion / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / lysosome / early endosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / Golgi apparatus / enzyme binding / cell surface / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-[[(2S)-2-[[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-AZANYL-3-(1H-1,2,3,4-TETRAZOL-5-YLCARBONYLAMINO)PROPANOYL]AMINO]-3-METHYL-BUTANOYL]AMINO]-4-METHYL-PENTANOYL]AMINO]METHYL]-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTANOYL]AMINO]BENZOIC ACID / Chem-038 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Lindberg, J.D. / Borkakoti, N. / Derbyshire, D. / Nystrom, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Investigation of a-phenylnorstatine and a-benzylnorstatine as transition state isostere motifs in the search for new BACE-1 inhibiotrs
著者: Wangsell, F. / Nordeman, P. / Savmarker, J. / Emanuelsson, R. / Jansson, K. / Lindberg, J. / Rosenqvist, A. / Samuelsson, B. / Larhed, M.
履歴
登録2009年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年12月12日Group: Other
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9636
ポリマ－135,7953
非ポリマー2,1683
水1,36976
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9882
ポリマ－45,2651
非ポリマー7231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9882
ポリマ－45,2651
非ポリマー7231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9882
ポリマ－45,2651
非ポリマー7231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.762, 102.774, 101.427
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2


分子量: 45264.887 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 42-446 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-038 / 3-[[(2S)-2-[[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-azanyl-3-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-ylcarbonylamino)propanoyl]amino]-3-methyl-butanoyl]amino]-4-methyl-pentanoyl]amino]methyl]-2-hydroxy-4-phenyl-butanoyl]amino]benzoic acid


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 722.791 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H46N10O8
参照: 3-[[(2S)-2-[[[(2S)-2-[[(2S)-2-[[(2S)-2-AZANYL-3-(1H-1,2,3,4-TETRAZOL-5-YLCARBONYLAMINO)PROPANOYL]AMINO]-3-METHYL-BUTANOYL]AMINO]-4-METHYL-PENTANOYL]AMINO]METHYL]-2-HYDROXY-4-PHENYL-BUTANOYL]AMINO]BENZOIC ACID
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16% PEG8000, 0.1M Citrate, 0.3M Lithium sulphate, 0.1M Sodium Chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07225 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→99.015 Å / Num. obs: 46304 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 43.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. measured all: 18781 / Num. unique all: 6868 / Rsym value: 0.386 / % possible all: 93.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å98.87 Å
Translation2.6 Å98.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER1.3.3位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DM6

3dm6


解像度: 2.6→99.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.217 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.817 / SU B: 9.65 / SU ML: 0.209 / SU R Cruickshank DPI: 0.561 / SU Rfree: 0.32 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.561 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 2320 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.21 46304 --
obs0.21 45951 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 66.75 Å2 / Biso mean: 24.289 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.03 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→99.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8570 0 156 76 8802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228952
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.96412163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.29451076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07323.666401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.383151404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8481551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026859
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.23625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.25981
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9571.55519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62128704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05934033
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2984.53459
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 180 -
Rwork0.309 3227 -
all-3407 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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