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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kye
タイトルCrystal Structure of Roadblock/LC7 Domain from Streptomyces avermitilis
要素Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7
キーワードstructural genomics / unknown function / alpga-beta-alpha sandwich / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性: / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Roadblock/LAMTOR2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Roadblock/LC7 Domain from Streptomyces avermitilis
著者: Kim, Y. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7
B: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7
C: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7
D: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7214
ポリマ－64,7214
非ポリマー00
水2,756153
1
A: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7
B: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3612
ポリマ－32,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area11100 Å2
手法PISA
2
C: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7
D: Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3612
ポリマ－32,3612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2710 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area11110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.422, 155.341, 48.958
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Roadblock/LC7 domain, Robl_LC7 / uncharacterized protein cvnB3


分子量: 16180.325 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 9-134 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: MA-4680 / 遺伝子: cvnB3, SAV1632, SAV_1632 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q82MM8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 2 M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 28273 / Num. obs: 28273 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique all: 1366 / Rsym value: 0.647 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVEモデル構築
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→32.477 Å / SU ML: 0.24 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1416 5.08 %random
Rwork0.186 ---
all0.188 27847 --
obs0.188 27847 98.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.98 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.5862 Å2-0 Å20 Å2
2---17.845 Å2-0 Å2
3---11.2588 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→32.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3593 0 0 153 3746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133655
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4554976
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0621276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005638
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1504-2.22720.28751270.22462536266395
2.2272-2.31630.26961250.222549267497
2.3163-2.42170.29931400.2092568270897
2.4217-2.54940.25511420.21092621276398
2.5494-2.7090.28081410.20282639278099
2.709-2.91810.25911470.19772644279199
2.9181-3.21150.25191390.20126632812100
3.2115-3.67560.23931600.175326952855100
3.6756-4.62880.17621460.151727172863100
4.6288-32.48080.19751490.18282799294897
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.84870.90030.25326.9942-1.37992.23370.11470.0272-0.0321-0.0660.0002-0.4307-0.4036-0.096-0.09860.29910.02270.04220.26340.03990.288316.70640.252811.5674
20.7743-0.3452-0.27687.7404-4.29354.2712-0.13970.2021-0.23070.08610.62930.64540.3264-0.3467-0.40680.21920.03330.03780.26680.07940.3682
31.58630.61370.58323.73511.19883.19330.06380.01440.04350.38880.06160.2478-0.0660.1171-0.11680.33280.07720.04690.21650.01130.2224
42.41611.106-0.19614.7644-0.01991.43030.17190.0492-0.16830.1246-0.00470.04970.26930.0779-0.16220.32860.0486-0.05540.26950.01030.3549
精密化 TLSグループSelection details: chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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