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- PDB-3kxe: A conserved mode of protein recognition and binding in a ParD-Par... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kxe
タイトルA conserved mode of protein recognition and binding in a ParD-ParE toxin-antitoxin complex
要素
  • Antitoxin protein parD-1
  • Toxin protein parE-1
キーワードPROTEIN BINDING / toxin / antitoxin / complex / Caulobacter / TA system
機能・相同性
機能・相同性情報


protein heterotetramerization / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Antitoxin ParD1-like / Toxin-antitoxin system, toxin component ParE1/4 / Bacterial antitoxin of ParD toxin-antitoxin type II system and RHH / Antitoxin ParD / Antitoxin ParD superfamily / : / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family ...Antitoxin ParD1-like / Toxin-antitoxin system, toxin component ParE1/4 / Bacterial antitoxin of ParD toxin-antitoxin type II system and RHH / Antitoxin ParD / Antitoxin ParD superfamily / : / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / RelE-like / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Ribbon-helix-helix / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin / Antitoxin protein parD1 / Antitoxin ParD1 / Toxin ParE1
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus NA1000 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Crosson, S. / Dalton, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: A Conserved Mode of Protein Recognition and Binding in a ParD-ParE Toxin-Antitoxin Complex.
著者: Dalton, K.M. / Crosson, S.
履歴
登録2009年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin protein parE-1
B: Toxin protein parE-1
C: Antitoxin protein parD-1
D: Antitoxin protein parD-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1494
ポリマ－45,1494
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10710 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area16380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.735, 72.707, 76.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Toxin protein parE-1


分子量: 12928.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus NA1000 (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: CCNA_00916, parD-1, parE-1 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8H242, UniProt: Q9A9T8*PLUS
#2: タンパク質 Antitoxin protein parD-1


分子量: 9645.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus NA1000 (バクテリア)
株: NA1000 / CB15N / 遺伝子: CCNA_00917, parD-1, parE-1 / プラスミド: pET-Duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8H243, UniProt: P58091*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM MES, 100 mM (NH4)2HPO3, 10% PEG 20,000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E10.97
シンクロトロンAPS 21-ID-D20.97
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→33.96 Å / Num. obs: 11711 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→33.96 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2916 557 4.76 %RANDOM
Rwork0.2367 ---
obs0.2393 11141 98.81 %-
all-11840 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 27.248 Å2 / ksol: 0.321 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→33.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2685 0 0 46 2731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.543677
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.1511001
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.101387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.8570.35751340.2692645X-RAY DIFFRACTION96
2.857-3.27010.33221500.25322766X-RAY DIFFRACTION100
3.2701-4.11890.26881280.21392819X-RAY DIFFRACTION100
4.1189-33.96290.26561450.23472924X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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